蛋白质介绍 - 黄建宏老师生物资讯研究.pptVIP

Gene Ontology 基本上GO 主要由三個分支組成 Molecular Function Biological Process Cellular Component Gene Ontology 在GO format 底下四個資料夾 function 、process、comnpent、defs 按右鍵另存新檔下載 找到Homo sapiens GO Annotations 按右鍵另存新檔下載 工具 GNS:編號轉換 NCBI:編號轉換，蛋白質序列下載 Blast:序列比對 GNS .tw/GeneAlias/# How to Use A. Search Methods (1) FullText︰ 目標︰ 訊息包含關鍵字的基因。 檢索字段︰ 全部基因訊息專欄 預訂透過︰ MySQL FullText 使用情況︰ 1. 使用者想要知道某種話或者片語用於描述基因多重要。 2. 使用者不知道哪種訊息話或者片語並且想要看看是否這與任何基因有關。 (2) Exact Match︰ 目標︰ 搜尋選擇的專欄誰的完全適合那些使用者所輸入的關鍵字。 檢索字段︰ 選擇專欄 預訂透過︰ 基因符號 使用情況︰ 1. 使用者想要查特殊的基因訊息。 (例如︰使用基因象徵尋找基因Id) (3) Blurred Match︰ 目標︰ 在被選擇的專欄中搜尋使用者輸入的關鍵字。 檢索字段︰ 選擇專欄 預訂透過︰ 基因符號 使用情況︰ 1. 使用者想要用模糊搜尋來尋找某些關鍵字。 B. Search Hints (1) 逐筆搜尋︰ 1. 使用逗號 “,” 同時做多搜尋。 (例如︰A2M，AACS) (2) 批量搜尋︰ 1. 上載檔案形式︰ 正文檔案。 2. 關鍵字限制︰ 20000個關鍵字。 Select Batch Search Batch Search Column Selected Selected : Uniprot/Swissprot 可製作.txt檔來上傳，格式可自行分辨，或是指定 選擇想轉制的格式 Upload Text Data File Results NCBI-batch Select the database : Gene Upload the text file Press the ‘retrieve’ button /sites/batchentrez?db=Nucleotide Protein-轉換and序列下載 Database選擇Protein 錯誤表 建議最好記下來 下載蛋白質序列 下載選擇FASTA 對應的編號 Blast(安裝流程) 1.到C槽建立一個資料夾 C:\ncbi-blastn\ 2.把軟體放進此資料夾(blast-2.2.13-ia32-win32) 3.開記事本鍵入[NCBI] Data=C:\ncbi-blast\data 4.並以ncbi.ini型式存入c:\WINDOWS裡 Blast(安裝流程) 5.點擊軟體(blast-2.2.13-ia32-win32.exe)執行安裝 6.設定參數 控制台?系統?進階?環境變數?系統變數下選擇Path?編輯?在變數值內加入;c:\ncbi-blast即可開始使用NCBI Blastn Blast使用方式 以146490為範例，利用NCBI Blast軟體的blastp指令對所抓取的複合體序列進行序列比對。 Blast(批次處理) 一筆一筆輸入太沒效率了，所以建立bat檔來做處理。 執行時只需將fasta檔放入相同的資料夾即可 變更區域 Blast(批次處理) 執行順序:Format-Score-1-6 每個bat檔皆須修改 * 蛋白質相關介紹 大綱 蛋白質交互作用與複合體 各種編號 資料庫介紹 工具介紹 蛋白質交互作用與複合體 蛋白質會彼此結合在一起而形成蛋白質複合體(protein complex)以執行特殊功能。 蛋白質的結合稱作蛋白質與蛋白質交互作用(protein-protein interactions;PPI)。 許多學者研究蛋白質複合體是從圖論的觀點出發，主要是相互作用網路中密度高之區域極可能是蛋白質複合體 。 目前尚未有其他先進探討蛋白質複合體中內部的關連性，故本文對真實的複合體做了密度和連通度的驗證 。 蛋白質間交互作用相關研究 蛋白質是細胞中功能執行的最終產物，因此蛋白質體學其著重的議題是在討論蛋白質在細胞中所扮演的生理功能。由於蛋白質的功能