鹅细小病毒yblj株ns1基因的克隆及生物信息学分析.pdfVIP

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　 　 　　　２０１６（１０上）：１４－１６，２１，２９１ 鹅细小病毒ＹＢＬＪ株 ＮＳ１基因的克隆及 生物信息学分析 宋　爽，高　旭，于清洋，张立媛，鲁　承 （延边大学农学院动物医学系，吉林 延吉 １３３０００） 中图分类号：Ｑ７８５ 文献标识码：Ａ 文章编号：１００４－７０３４（２０１６）１０－００１４－０５ 关键词：鹅细小病毒；ＮＳ１基因；非结构基因；克隆；生物信息学 摘　要：为了克隆鹅细小病毒（ＧＰＶ）ＮＳ１基因，并对其进行生物信息学分析，试验参照ＧｅｎＢａｎｋ发表 的ＧＰＶ全基因组序列（Ｕ２５７４９）设计扩增ＧＰＶ－ＮＳ１基因的１对特异引物，经ＰＣＲ扩增，将克隆的 ＧＰＶ－ＮＳ１基因进行ＴＡ克隆和转化，对鉴定正确的质粒进行测序，并对测序结果进行生物信息学分 析。结果表明：ＹＢＬＪ株ＧＰＶ－ＮＳ１基因全长１８８４ｂｐ，编码６２７个氨基酸，与其他 １１株ＧＰＶ的ＮＳ１ 基因核苷酸同源性为９３．６％～９９．９％，氨基酸同源性为９６．２％～９９．８％；蛋白二级结构中 螺旋占 α ３１．４２％，折叠占１９．３０％，无规则卷曲占４９．２８％；蛋白三级结构中 螺旋和 折叠占ＧＰＶ－ＮＳ１ β α β 总蛋白的一半以上的比例。说明ＧＰＶ－ＮＳ１基因和其编码的氨基酸均较保守，尤其氨基酸更为保守， 提示ＮＳ１蛋白虽然是非结构蛋白，但其对于ＧＰＶ应该是至关重要的功能蛋白。 ＣｌｏｎｉｎｇａｎｄｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓｏｆＮＳ１ｇｅｎｅｏｆｇｏｏｓｅｐａｒｖｏｖｉｒｕｓＹＢＬＪｓｔｒａｉｎ ＳＯＮＧＳｈｕａｎｇ，ＧＡＯＸｕ，ＹＵＱｉｎｇｙａｎｇ，ＺＨＡＮＧＬｉｙｕａｎ，ＬＵＣｈｅｎｇ （ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＭｅｄｉｃｉｎｅ，ＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅＣｏｌｌｅｇｅｏｆＹａｎｂｉａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｙａｎｊｉ１３３０００，Ｃｈｉｎａ） Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｇｏｏｓｅｐａｒｖｏｖｉｒｕｓ；ＮＳ１ｇｅｎｅ；ｎｏｎ－ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｇｅｎｅ；ｃｌｏｎｉｎｇ；ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓ Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｏｃｌｏｎｅｔｈｅＮＳ１ｇｅｎｅｏｆｇｏｏｓｅｐａｒｖｏｖｉｒｕｓ（ＧＰＶ）ａｎｄｃｏｎｄｕｃｔａｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅＮＳ１ｇｅｎｅ，ａｐａｉｒｏｆｓｐｅｃｉｆｉｃｐｒｉｍｅｒｓ ｗａｓｄｅｓｉｇｎｅｄａｃｃｏｒｄｉｎｇｔｏｔｈｅｐｕｂｌｉｓｈｅｄｗｈｏｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆＧＰＶ（Ｕ２５７４９）ｉｎＧｅｎＢａｎｋ，ａｎｄｔｈｅｎｔｈｅＧＰＶ－ＮＳ１ｇｅｎｅｗａｓａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙＰＣＲ． ＴｈｅｃｌｏｎｅｄＧＰＶ－ＮＳ１ｇｅｎｅｗａｓｕｓｅｄｆｏｒＴＡｃｌｏｎｉｎｇａｎｄｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ，ｔｈｅｖｅｒｉｆｉｅｄｃｏｒｒｅｃｔｐｌａｓｍｉｄｗａｓｓｅｑｕｅｎｃｅｄ，ａｎｄｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｄｒｅｓｕｌｔ ｗａｓｕｓｅｄｆｏｒｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓ．ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｆｕｌｌｌｅｎｇｔｈｏｆＧＰＶ－ＮＳ１ｇｅｎｅｏｆＹＢＬＪｓｔｒａｉｎｗａｓ１８８４ｂｐ，ｅｎｃｏｄｉｎｇａｐｒｏｔｅｉｎ ｏｆ６２７ａｍｉｎｏａｃｉｄｓ．ＴｈｅＧＰＶ－ＮＳ１ｇｅｎｅｏｆＹＢＬＪｓｔｒａｉｎｓｈａｒｅｄ９３．６％ ｔｏ９９．９％ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｈｏｍｏｌｏｇｙａｎｄ９６．２％ ｔｏ９９．８％ ａｍｉｎｏ－ａｃｉｄ ｈｏｍｏｌｏｇｙｗｉｔｈｔｈｏｓｅｏｆｏｔｈｅｒｅｌｅｖｅｎｓｔｒａｉｎｓｏｆｇｏｏｓｅｐａｒｖｏｖｉｒｕｓ．Ｔｈｅａｌｐｈａｈｅｌｉｘｅｓ，ｂｅｔａｓｈｅｅｔｓ，ａｎｄｒａｎｄｏｍｃｏｉｌｓａｃｃｏｕｎｔｅｄｆｏｒ３１．４２％， １９．３０％，４９．２８％ ｉｎｔｈｅｓｅｃｏｎｄａｒ