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生 物 信 息 服 务 内 容 列 表 EST/cDNA 文库分析 一、常规分析 1 序列前处理 1.1 低质量去除 1.2 载体屏蔽 1.3 无效序列去除 2 聚类和拼接 3 ESTs 序列注释 3.1 BLASTX against NR (无冗余的蛋白质数据库) 3.2 BLASTN againt NT (无冗余的核酸数据库) 3.3 SWISSPROT 4 拼接得到的 Contig 的注释 4.1 BLASTX against NR (无冗余的蛋白质数据库) 4.2 BLASTN against NT (无冗余的核酸数据库) 4.3 SWISSPROT 4.4 结构域（Domain ）查找和模体（Motif ）识别 5 ORF 预测 6 基于 GO 的功能分类 二、可选分析 1. Repeat 序列查找 2. 污染序列检测 3. 文库的基因饱和度检测 4. 文库之间的表达量的比较分析 5. 代谢途径分析 6. 可变剪接（alternative splicing）分析 7. 与基因组的比较 8. EST 数据提交 微生物基因组拼接与分析 1 常规分析 1.1 GC Content and GC skew 1.2 rRNA 查找 1.3 tRNA 查找 1.4 重复区查找 1.5 基因预测（采用二种方法预测，增加准确性） 联系人：郑广勇，丁国徽(gwding@sibs.ac.cn) Tel: 86-21 平 捷，郝 沛(phao@sibs.ac.cn) Tel: 86-21周一至周五 (9:00am-11:00am,2:00pm-5:00pm) 生 物 信 息 服 务 内 容 列 表 1.6 基因注释 1.6.1 BLASTP against NR 1.6.2 BLASTP against SWISSPROT 1.6.3 Pfam 预测 Domain 1.7 COG 功能分类 1.8 基因组圈图 1.9 基因组线图 2 可选分析 2.1 比较基因组和画图 2.2 外源岛/致病岛/基因岛预测 2.3 Indel 分析 2.4 代谢途径分析 2.5 启动子（Promoter ）预测和检索 2.6 CpG 岛查找 2.7 双组份分析 2.8 可变剪接分析 2.9 数据提交到 Genbank 3 其它服务 3.1 数据发布网站 芯片分析 1）全基因组甲基化芯片数据分析 输入数据：自来 Affymetrix, Illumina 和 NimbleGen 的全基因甲基化芯片 分析内容： 芯片噪音去除 芯片归一化 甲基化区域鉴定 差异化甲基化基因组区域筛选 差异化区域图形化显示 差异化区域基因组上下文注释 2 ）核酸芯片数据分析 全基因组芯片分析，Exon ，SNP，Chip-Chip 芯片分析 分析内容： 芯片质量评估 芯片噪音去除 差异表达基因筛选 联系人：郑广勇，丁国徽(gwding@sibs.ac.cn) Tel: 86-21 平 捷，郝 沛(phao@sibs.ac.cn) Tel: 86-21周一至周五 (9:00am-11:00am,2:00pm-5:00pm) 生 物 信 息 服 务 内 容 列 表 聚类分析 判别分析 多重检验 探针注释 功能分类和富集分析 3 ）microRNA 基因芯片分析 分析内容： 预处理 差异分析 聚类分析 各类别靶分析 网络绘制 功能分析 转录调控分析 支持物种：人（Homo sapiens ），小鼠（Mus musculus ），大鼠（Rattus norvegicus ） 服务内容： 根据序列信息鉴定转录因子 转录因子初步分类 转录因子一级序列上 DNA 结合活性位点鉴定 鉴定转录因子 DNA 结合位点（motif ）预测 转录因子-下游基因调控关系预测。转录调控网络构建 药