4个水稻恢复系品种全基因组SNP及主要农艺性状基因等位型分析.docVIP

　　4个水稻恢复系品种全基因组SNP及主要农艺性状基因等位型分析 第一章 文献综述 1 SNP分子标记及其应用 1.1 SNP的定义及特点 在自然发生的突变中，转换出现的频率比颠换多，且 CG 序列上出现最为频繁，而且多是 C 转换为 T，原因是 CG 中的 C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异。在基因组 DNA 中，任何碱基均有可能发生变异，因此 SNP 既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。SNPs 随机出现在生物体的任何地方，根据 SNP 与基因的位置可以分为基因编码区 SNPs（cSNPs），基因间 SNPs(iSNPs)和基因周边 SNPs（pSNPs）等。根据其对生物遗传性状的影响，SNP 可分为蛋白编码 SNP 和非蛋白编码 SNP，蛋白编码 SNP 位于基因的转录序列中，影响蛋白质中氨基酸的类型，导致蛋白质性质的改变。而非蛋白编码 SNP 位于非转录序列，一般情况下会导致外显子的缺失，或内含子未被剪接而引起的突变，有些内含子内部的 SNP 位点的等位基因变异改变了 RNA 剪接。SNP位于启动子区域主要是决定基因能否表达，SNP 位于增强子区域是影响基因的表达量。总的来说，位于编码区内的 SNP(coding SNP，cSNP)比较少，因为在外显子内，其变异率仅及周围序列的 1/5，但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义。从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP 又可分为2种：一种是同义cSNP(synonymous cSNP)，即 SNP 所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；另一种是非同义 cSNP(non-synonymous cSNP)，指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。SNP 的特点有密度高，富有代表性，遗传性稳定，易于实现分析自动化。因此，SNP 成为继 RFLP（限制性片段多态性），微卫星多态标记的第三代遗传标记。 . 1.2检测SNP的方法 SNP 的检测方法多种多样，而且每年都有许多新的检测技术问世。SNP检测方法可以划分为杂交法、熔解法、电泳法、测序法、化学法、酶学法、物理法以及它们的组合方法［4］。而这些方法又根据检测通量的大小分为以下三种类型：传统的低通量检测方法主要为测序和限制性内切酶酶切法。其中，测序法最为直接。通过PCR扩增出包含待检测SNP位点的DNA片段，然后通过Sanger法测序［5］，直接得到待检测位点的碱基信息。但是用测序的方法来对SNP进行鉴定，成本比较高，后续的分析也比较繁琐。一般情况下，不会用此方法对大量的SNP进行验证。而限制性内切酶酶切法主要是酶切扩增多态序列法或由CAPS法衍生而来的dCAPS法，其主要原理是在SNP多态位点的前面位置设计引物（引物处不引入错配碱基的为CAPS法，引入错配碱基的为dCAPS法），使引物上的错配碱基与待检测SNP位点组合，形成可以被某些限制性内切酶识别的位点，然后通过对PCR产物的酶切，电泳就可以检测出能被酶切和不能被酶切的片段（dCAPS法一般相差一条引物的长度，18 bp左右），达到验证SNP的目的。优点：1.限制性内切酶酶切法检测SNP比较常用，它的优点是通用性好，不需要大型的设备仪器；2.在对某个位点的引物设计好后，可以针对这个位点对多个个体进行研究，成本可以得到很好的控制。缺点：1.首先这种方法不适合较多数量的SNP检测；3.由于dCAPS引物存在错配碱基，经常会导致PCR扩增效率不高甚至扩增失败等现象。而对于某些SNP位点区域，可能找不到合适的限制性内切酶。 . 2 SNP标记在水稻中的研究进展及应用 2.1水稻基因组SNP研究进展 随着分子测序技术的发展，即人类基因组测序完成后，越来越多的物种测序被完成。水稻基因组中具有广泛的 SNPs，Shen 等[5]将粳稻品种 Nipponbare 基因组序列与籼稻品种 93-11 的基因组序列进行比对，两者之间存在 1703176 个 SNPs，平均 268个碱基就有一个 SNP。其准确度达 98.2%。Nasu 等[6]从 417 个分别来自 3 个粳稻品种，2个籼稻品种和1个野生稻品种的DNA区段中发现大约250000个碱基序列中有2 800个 SNPs，平均每 89 个碱基就有一个 SNP。不仅籼、粳亚种间存在大量 SNPs[15]，在籼、粳稻亚种内，品种间的 SNPs 也很丰富。Nasu 等检测到亲缘关系较远的籼稻品种广陆矮 4 号和 Kasalath 之间的 SNPs 达 1 224 个，SNP 频率为 0.49%。在亲缘关系较近的粳稻品种 Nipp