福建省稻田土壤细菌群落的16S rDNA-PCR-DGGE分析.pdfVIP

微 生物学通报 NoV20，2008，35(11)：1715~1720 M icrobiology @ 2008byInstituteofM icrobiology．CAS tongbao@ im．ac．ca 福建省稻田土壤细菌群落的 16SrDNA．PCR．DGGE分析 李友发1,2宋 兵1,2宋亚娜 郑斯平 翟焕趁1,2郑伟文 (1．福建省农业科学院生物技术研究所 福州 350003) (2．福建农林大学生命科学院 福州 350002) 摘 要：用不依赖细菌培养的16SrDNA．PCR—DGGE方法对福建省6个不同地区12个取样点的稻 田土壤进行细菌群落结构分析。对 l2份样品直接提取其总DNA，用F341GC／R534引物扩增 16S rDNA基因的 V3可变区，结合 DGGE(denaturinggradientgelelectrophoresis)技术分析样品细菌群 落组成。结果表 明，福建省不同地区的稻 田土壤之间细菌群落结构存在较大差异，大体上可分为 闽东、闽南、闽北、闽西 4个大类。同一地区的根际土和表土样品之间也存在差异，但差异相对 较低，其中龙岩根际土和表土细菌群落结构相似性最大，永泰差异性最大。回收了DGGE图谱中 11个条带，测序结果经过Blast比对表明其中10个条带代表的细菌是不可培养的，显示了DGGE 技术的优越性。 关键词：稻 田土壤，细菌群落，16SrDNA—PCR．DGGE AnalysisoftheBacterialCommunitiesinPaddySoilsin FujianProvinceUsing16SrDNA—PCR-DGGE LIYou—Fa12 SONGBing SONGYa．Na ZHENG Si．Ping ZHAIHuan．Chen，一 ZHENGW ei—W en (1．BiotechInstitute，F~ianAcademyofAgriculutralSciences，FuzhOU350003) (2．CollegeofLifeScience，FujianAgricultureandForestUniversity，FuzhOU350002) Abstract：16SrDNA—PCR．DGGE．acultivation．independentapproach，wasusedtoanalyzethebacterial communitiesinpaddysoilsinFuiianProvince．Thebulksoilsnadrhizosphricsoilsweresampledfrom six differentecologicalsoilregions．TotalDNA wasdirectlyextractednadampfifiedwiththeF341GC nad R534primerstargetinghte16SrDNA V3．Thema plifiedfragmentswerenaalyzedbyperpendicularDGGE． Clusterna alysisrevealedthathterewasahighdiversityofbacterialcommunitycompositionsma ongdi r- entsoilsamplestested．BasicallytheycouldbegroupedtoMindong(East)，Minnan(Souht)，Minbei(North) nadMinxi(West、ecologica1regions．16SrDNA—PCR—DGGEprofilesrfombulkandrhizosphericsoilinhte sameregionshowedlessbacterialdiversityb