美兆人体生物资料库DNA 检体品质检验与分析 - 财团法人演译基金会.PDF

財團法人演譯基金會 美兆健康資源中心 美兆人體生物資料庫 DNA檢體品質檢驗與分析 技術報告編號：MJHRF-TR-02 2016/05/19 財團法人演譯基金會 美兆健康資源中心 引用本文參考文獻格式 ： 王櫟倫(2016) 。美兆人體生物資料庫DNA檢體品質檢驗與分析 。財團法人演譯 基金會技術報告(編號：MJHRF-TR-02) 財團法人演譯基金會 美兆人體生物資料庫DNA檢體品質檢驗與分析 美兆健康資源中心 美兆人體生物資料庫DNA檢體品質檢驗與分析 一、前言 自 2002 年起，美兆人體生物資料庫便開始進行檢體採集與儲存，捐贈之檢 體包含血清 、血漿與血沉棕黃層 （Buffy Coat ）三種檢體。其中血沉棕黃層的主 要用途為提供研究學者萃取基因體 DNA （genomic DNA或 gDNA ），而後可從事 如 DNA 定序 （DNA sequencing ）、單核苷酸多型性基因型鑑定 （SNP Genotyping ）等後續實驗，用以分析基因與疾病之間的關聯性。 由於 美兆人體生物資料庫存有之檢體已保存 多年，經過長時間的低溫儲 存，確實可能會影響既有檢體的純度與品質 ，因此 針對既有檢體品質的檢測極 具重要 性。從使用者的角度來考量，如果血沉棕黃層內萃取出的 DNA的品質數 據符合後續實驗的要求，即代表檢體品質可被接受 ，所以針對既有之血沉棕黃 層檢體的品管 ，將進行DNA 萃取而後做定量與純度等品質分析 ，進一步評估 美 兆人體生物資料庫儲存之檢體品質 。 二、初步採樣 進行檢體品質分析時 ，我們做了實驗組與控制組的設計 ，從而比較檢體品 質 ，分組與採樣的步驟如下： 1.實驗組 ：母群體為 2002 至2008 年間曾捐贈檢體 ，但只捐贈 1 次、無罹 患癌症記錄者。 接著，將這些人的檢體根據捐贈年度自不同冰箱內挑選 出來進行品管實驗，藉以確認不同的檢體採集年度與存放位置 之檢體品 質 。總共提取16管檢體 。 2.控制組 ：控制組為取得血液檢體後在最短時間內離心分裝，完成後不經 過-80°C 低溫儲存， 而是先暫存於 4°C的環境下，接著 直接進入品管流 程，總共提取 2管檢體 。 3.實驗組採樣流程 ： 1)自 2014/10/07 至2015/9/23 為止 ，所有拒絕重簽同意書的名單做為篩 選實驗 組的樣本，共計有 917筆 。 2)排除捐贈超過 1 次或具癌症記錄的捐贈者 ，共計642筆 。 1 財團法人演譯基金會 美兆人體生物資料庫DNA檢體品質檢驗與分析 美兆健康資源中心 3)找出642位捐贈者的檢體存放位置 。 4)同一捐贈年度至少須選出 2管檢體做代表，且同年度捐贈之 2管（或 1 2管 以上）檢體存放位置必須位於不同冰箱 ，最後共計篩選出16管檢 體（見表 1 ）。 表1 ：品管檢體列表 檢體編號 冰箱編號 捐贈年度 檢體編號 冰箱編號 捐贈年度 1 1 2003 9 9 2005 2 2 2002 10 10 2005 3 2 2002 11 11 2006 4 3 2003 12 12 2006 5