面肩肱肌营养不良区基因frg1 的生物信息学研究 - 河北师范大学学报.pdfVIP

第32 卷/第6 期/ 河北师范大学学报/自然科学版/ Vol.32 No.6 2008 年11 月 JOURNALOFHEBEI NORMAL UNIVERSITY/Natural Science Edition/ Nov.2008 面肩肱肌营养不良区基因FRG 1 的生物信息学研究 田志环, 　焦传珍 (德州学院 生物系, 山东 德州　253023) 要:利用生物信息学数据库和分析工具, 对人面肩肱肌营养不良相关基因F RG 1 和蛋白质(FRG1P)进行 了较全面的分析, 探讨生物信息学在人类疾病和健康相关基因研究中的作用.以人类基因数据库为基础, 利用 BioEdit, DNAM AN, V ector NT I 等工具软件以及 SM A RT, InterP roScan, CPHmode s 等在线工具, 对 FRG1P 进行了 基本性质分析、分子进化分析、三维结构建模、相互作用蛋白预测.生物信息学分析结合文献查询, 对F RG1P 的分 子生物学给予较全面的评述, F RG 1P 是研究分子进化的很好的材料. 关键词:生物信息学;面肩肱型肌营养不良症;F RG1 中图分类号:R 3 18.04　　　文献标识码:A 　　　文章编号:1000-5 854(2008)06-0 809-04 面肩肱肌营养不良症(f acioscapu ohumera muscu ar dy strophy , FSHD )是人类常见的遗传性肌肉疾病之 一, 该病引起脸和肩带的肌肉衰弱, 导致一些动作困难, 在人的婴儿期到老年都有衰弱症状, 但在20 多岁症 [1] 状最为典型.F RG 1(F SHD region gene 1)由V an Deutekom 等在1996 年发现 , 该基因位于着丝粒附近, 离 D4Z4 重复序列约100 kb 的距离, 编码 1 个258 个氨基酸残基的蛋白质, 进化上较保守, 属于一个在多个染 [2] 色体上的具有F RG 1 相关序列的多基因家族.2002 年, Gabe ini 等 发现, 面肩肱型进行性肌营养不良患者 染色体4q35 D4Z4 上游的基因F RG1, F RG2, A NT 1 不正常地过量表达.他们通过选择性的使骨骼肌高表达 F RG1, 成功构建出FSHD 转基因小鼠, 培育了转基因的面肩肱型进行性肌营养不良实验鼠, 证明F RG 1 基因 [3] 的高表达导致转基因小鼠出现面肩肱肌营养不良的症状 .最近的研究表明, FRG 1P (F RG1 蛋白)出现在含 人mRNA 剪接体的蛋白质复合体中, 支持FRG 1P 很可能在 RNA 剪接或核RNA 生成的其他环节行使功能 [4] 的观点 .本文中, 笔者利用各种生物信息学工具和数据库, 对F RG 1 进行分析, 探讨生物信息学在挖掘新生 物学知识、进行新基因功能研究中的作用. 1　材料和方法 以GeneBank 收录的人F RG 1 基因核苷酸序列和相应的mRNA 、蛋白质氨基酸序列为材料, 利用多种在 线蛋白质分析工具和DNAM AN, BioEdit, V ecto r N T I 等工具软件对 FRG 1P 进行基本性质分析、同源性分 析、相互作用蛋白预测和分子进化树构建, 利用CPH mode s 2 .0 进行同源建模和三维结构预测, 利用V ector N T I 的三维结构视屏查看和分析分子三维结构. 2 　实验结果 2.1　FRG 1 在染色体上的定位及基因结构 在 N CBI 网站收录的人 F RG 1 基因的 Gene ID 是2 483, 基因定位在 4 号染色体 4q35, 临近一段着丝粒重复区约 100 kb, 在面 肩肱肌营养不良病人中约有 3.3 kb 的该重复