3 TCMD产品的应用实例.DOC

TCMD中药化学数据库中文版用户说明书 1. TCMD产品特性及内容 3 1.1 产品研制背景和意义 3 1.2 TCMD体现了科学性和实用性的统一 3 1.3 TCMD 产品的应用领域 3 1.4 TCMD 2003.1版本的内容 3 1.4.1 9127种化合物 3 1.4.2 3922种中药药用植物 4 1.4.3 9127种化合物的三维结构库 4 1.5 TCMD产品的检索功能和用途 5 2．ISIS/Base平台使用说明 5 2.1 文本查询 5 2.1.1 SBF方式 5 2.1.2 QB方式 5 2.2 结构查询 5 2.2.1 SBF方式 5 2.2.2 QB方式 6 2.3 交叉查询 6 2.3.1 SBF方式 6 2.3.2 QB方式 6 3. TCMD产品的应用实例 6 [实例01] 化合物ID号检索 6 [实例02] 化合物中文名称检索 6 [实例04] 化合物分子式检索 7 [实例05] 化合物分子量检索 7 [实例06] 化合物的物化性质检索 7 [实例07] 从植物检索化合物 (从化合物表出发) 7 [实例08] 从植物检索化合物 (从植物表出发) 8 [实例09] 检索某科植物中的全部化合物 8 [实例11] 某科植物化学成分的药理活性分布 8 [实例12] 检出某属植物中含有的化合物 8 [实例13] 指定中药的功效检索有关化合物 8 [实例14] 指定中药的适应症检索有关化合物 8 [实例15] 抑制剂及其药理模型检索 10 [实例16] 复合检索例 10 [实例17] 参考文献查询 10 [实例19] 定题检索 11 [实例20] 三维药效团检索实例：搜寻和GABAA受体结合的配体 11 4. 动画演示实例 11 5. 结果数据导出 11 5.1 Excel表格 11 5.2 SDF、RDF、ISIS/Base格式 12 6. 联系咨询 12 1. TCMD产品特性及内容 1.1 产品研制背景和意义 “中药化学数据库(Traditional Chinese Medicines Database, TCMD 2003.1)”是中科院过程工程研究所分子设计课题组在长期从事药物设计方法研究的背景下，对数据库工具的国内外需求进行分析，经多年努力研制成功的科学数据库产品，是一个支持新药研发和中药现代化研究的新型工具。与其内容相近的英文专著Traditional Chinese medicines第二版已于2003年3月在国外广泛发行。现推出中文版产品以满足国内各方面的需要。 1.2 TCMD体现了科学性和实用性的统一 采用确切的立体化学方式表达化学结构信息； 采用规范的格式化表达处理化合物生物活性和中药功效、适应症和药理信息； 采用严格的植物分类系统(郑万钧分类系统和恩格勒分类系统)表达中药源植物； 安装在通用的MDL公司ISISBase平台上，在Windows环境下运行，用户无需编程，也不要求具有专门的计算机知识，检索、浏览和输出方便自如。同时也可方便地和Tripos、Accelrys等其他分子设计软件系统相连接。 1.3 TCMD 产品的应用领域 TCMD是一个多学科交叉的科学数据库，涉及中药现代化研究、中药化学、药物化学、植物化学、化学信息学、中药药理学、分子药理学、药物设计学、天然产物研究与开发、新药创制、新剂型中药研发、新农药及其它农用化学品的研发等诸多研究及开发领域。相信只要初步了解了它所包含的信息类别和内容，上述领域的工作者都可以在自己的领域中找到令人兴奋的用途。 1.4 TCMD 2003.1版本的内容 该产品2003.1版本包含三部分内容：化合物，中药药用植物，和一个三维结构库。 1.4.1 9127种化合物 该产品第一部分内容是从1800多篇(部)中英文书籍和研究论文中收集的9127种从中草药中分离出来的化合物信息。每种化合物下列10项数据：唯一代码、中文名称、英文名称、CAS登录号、分子式、分子量、物理化学性质 (晶体形态、熔点、沸点、旋光度等)、格式化的生物活性数据 (即药理模型实验结果，3000种化合物有此数据)、含有该化合物的中药名单、含立体化学信息的结构式和参考文献。以人参皂甙Rd和紫杉醇示例： 中药生物活性化合物信息举例 3368 Ginsenoside Rd 人参皂甙Rd Gypenoside VIII 52705-93-8 C48H82O18 947.18 物化性质: 白色粉末 (乙醇-醇 1:1), mp 206-209°C, [α]D22 +19.38° (c = 1.03, 甲醇). 抗心律失常BaCl2引起的大白鼠心律不齐; 抗病毒; 抑制HSV-1的复制H2O2所致, IC50 = 12.0±0.8μg/ml, by FeSO4, IC50 = 45