云南地方稻waxy基因序列多样性分析.PDFVIP

植物遗传资源学报２０１６ꎬ１７(２):３６５￣３７０ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ＤＯＩ:１０.１３４３０/ ｊ.ｃｎｋｉ.ｊｐｇｒ.２０１６.０２.０２３ 云南地方稻 ｗａｘｙ基因序列多样性分析 马继琼ꎬ孙一丁ꎬ杨　 奕ꎬ王炎炎ꎬ许明辉 (云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/ 云南省农业生物技术重点实验室/ 农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室ꎬ昆明６５０２２３) 　 　 摘要:利用特异引物Ｗｘ￣Ｆ/ ＡＧ￣２对来源于云南省１６个州市６４ 个县的２５２份地方稻种ｗａｘｙ基因中含有微卫星序列(ＣＴ)ｎ 和第一内含子的序列进行ＰＣＲ扩增并测序ꎮ 结果表明在２６８个碱基的序列内检测到４ 个变异位点:第一内含子上游５６位处 (ＣＴ)ｎ存在(ＣＴ)１０、(ＣＴ)１１、(ＣＴ)１２、(ＣＴ)１４、(ＣＴ)１６、(ＣＴ)１７、(ＣＴ)１８、(ＣＴ)１９、(ＣＴ)２０、(ＣＴ)２１等１０ 种变异ꎻ(ＣＴ)１１、 (ＣＴ)１８、(ＣＴ)１７、(ＣＴ)１２、(ＣＴ)１０等５种单倍型是云南优势类型ꎬ合计占供试材料的９２８５％ꎻ籼稻以(ＣＴ)１０、(ＣＴ)１１、(ＣＴ)１２ 为主ꎬ而粳稻以(ＣＴ)１１ 、(ＣＴ)１２、(ＣＴ)１７和(ＣＴ)１８ 为主ꎻ第一内含子 ＋１位存在 Ｇ/ Ｔ 变异ꎬ８１７５％品种是 ＧꎬＴ 只出现在 (ＣＴ)１６、(ＣＴ)１７、(ＣＴ)１８和(ＣＴ)２０ 的品种中ꎬ其频率在籼稻中为１３４８％ꎬ粳稻２０８６％ꎬ水稻 １６１７％ꎬ陆稻２２３５％ꎬ粘稻 １０４７％ꎬ糯稻４２６２％ꎮ ＋８６￣８８位存在ＡＴＡ/ ＧＴＡ/ Ａ￣￣３种变异ꎻ＋１２８位处存在(ＡＡＴＴ)５ 和(ＡＡＴＴ)６ ２种变异ꎮ 根据这４ 个变异位点ꎬ可将 ２５２ 个云南地方稻种归为 １６ 种单倍型ꎬ其中Ｗｘ４(３２５４％)、Ｗｘ９(１３８９％)、Ｗｘ１２(１２７％)、Ｗｘ５ (１２３％)、Ｗｘ１(８３３％)、Ｗｘ１１(７９４％)是主要类型ꎬ合计８７７％ꎬ其他类型频率较低ꎮ 籼/ 粳亚种、水/ 陆稻和粘/ 糯中存在 单倍型种类和单倍型频率两方面的差异ꎬ籼稻/ 粳稻、水/ 陆稻和粘/ 糯稻各亚种或生态型均有独享的单倍型ꎬ共享单倍型频率 也存在差异ꎬ表明亚种间或生态型间发生了一定的遗传分化ꎮ 单倍型地理分布分析表明ꎬ临沧、普洱单倍型种类最丰富ꎬ以之 为中心向外扩展ꎬ单倍型种类有减少的趋势ꎬ第一内含子＋１位的Ｔ主要分布在临沧、普洱、西双版纳、德宏等南部地区ꎮ 本研 究揭示了云南地方稻种群体ｗａｘｙ基因的变异和分布特点ꎮ 关键词:水稻ꎻ云南ꎻｗａｘｙ基因ꎻ单倍型 Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｗａｘｙ Ｇｅｎｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｌｏｃａｌ Ｒｉｃｅ Ｖａｒｉｅｔｙ ｆｒｏｍ Ｙｕｎｎａｎ ＭＡ Ｊｉ￣ｑｉｏｎｇꎬＳＵＮ Ｙｉ￣ｄｉｎｇꎬＹＡＮＧ ＹｉꎬＷＡＮＧ Ｙａｎ￣ｙａｎꎬＸＵ Ｍｉｎｇ￣ｈｕｉ (Ｔｈｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｆ ＹｕｎｎａｎＰｒｏｖｉｎｃｅ/ Ｋｅｙ Ｌａｂ ｏｆ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ Ｃｒｏｐ Ｇｅｎｅ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ａｎｄ ＧｅｒｍｐｌａｓｍＩｎｎｏｖａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ/ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃ ＲｅｓｏｕｒｃｅｓꎬＹＡＡＳꎬＫｕｎｍｉｎｇ ６５０２２３) Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｔｈｅ ｗａｘｙ ｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｔｈｅ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ(ＣＴ)ｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｐａｒｔ ｏｆ ｆｉｒｓｔ ｉｎｔｒｏｎ ｗｅｒｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｅｄ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ＰＣＲ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｉｍｅｒｓ Ｗｘ￣Ｆ/ ＡＧ￣２ ｆｏｒ２５２ ｒｉｃｅ ｌａｎｄｒａｃｅｓｆｒｏｍ １６ ａｒｅａｓ ６４ ｃｏｕｎｔｉｅｓ ｏｆ Ｙｕｎｎａｎ.Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｆｏｕｒ ｖａｒｉａｂｌｅ