生物信息据库.ppt

生物分子数据库几个明显的特征： （1）数据库的更新速度不断加快 数据量呈指数增长趋势 （2）数据库使用频率增长更快 （3）数据库的复杂程度不断增加 （4）数据库网络化 （5）面向应用 （6）先进的软硬件配置 一. 核酸序列数据库 三大核酸序列数据库 GenBank /Genbank/index.html EMBL（European Molecular Biology Laboratory） http://www.ebi.ac.uk/embl/ DDBJ（DNA Data Bank of Japan） http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html GenBank 1982.4 由Los Alamos National Lab创建 NCBI (National Center for Biotechnology Information) NIH (National Institute of Health) 数据库查询工具：Entrez 数据提交工具： Sequin Nucleic Acids Research, 2008 Jan;36(Database issue):D25-30 GenBank中测序最多的20个物种 Refseq 1. 提供高质量的，无冗余的，完整的序列信息； 2. 包括基因组的DNA,转录成的RNA以及蛋白质序列信息。 3. 序列文件的标识符： mRNA序列：NM_001158 非编码RNA：NR_002769 蛋白质序列： NP_001159 /RefSeq/ GenBank VS. RefSeq EMBL 1982.3 由德国科隆大学收集整理 EBI（European Bioinformatics Institute） 数据库查询工具：SAS (开源) 数据提交工具：WebIn， Sequin http://www.ebi.ac.uk/embl/ DDBJ 创建于1986年 NIG（National Institute of Genetics） 数据库查询工具：SAS 数据提交工具： Sequin http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html INSDC 1998年，GenBank、EMBL和DDBJ共同成立了国际核酸序列数据库协会（International Nucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC） 三大核酸数据库之间每天将新测定或更新的数据进行交换共享，保证数据信息的完整与同步，每两个月更新一次版本。 / 三大核酸数据库之间的联系 二. 蛋白质序列数据库 蛋白质序列数据库 PIR / SwissProt http://www.expasy.ch/sprot/ TrEMBL http://www.expasy.ch/sprot/ PIR 1984年，蛋白质信息资源（Protein Information Resource,PIR）计划由美国国家医学研究基金会（NREF）正式启动 1988年，日本的国际蛋白质信息数据库（JIPID）和德国慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS）加入PIR 非冗余、高质量注释、全面分类 Swiss-Prot 1986年，由瑞士日内瓦大学创建。 SIB（Swiss Institute of Bioinformatics） ExPASy（Expert Protein Analysis System） 所有序列条目均经过有经验的分子生物学家和蛋白质化学家审核，因此又称为蛋白质专家库 TrEMBL 1996年创建，意为“Translation of EMBL” 从EMBL的cDNA序列翻译而来，包含EMBL数据库中所有核酸编码序列信息 ExPASy ExPASy Proteomics Tools UniProt 2002年在NIH资助下将PIR、Swiss-Prot和TrEMBL合并为UniProt（Universal Protein Resource） 具有全世界最全面的蛋白质分类信息 包含三个子库 UniProtKB（UniProt Knowledgebase） UniRef（UniProt Reference Clusters） UniParc（Uniprot Archive） UniProtKB UniProt Knowledgebase（UniProtKB）： Release 15.4 ， 16-Jun-2009 ，包括： Swiss-Prot Release 57.4 : 497293 entries TrEMBL Release 40.4 : 9145906 entries