如何在genebank里获得扩增出来目标基因bp数.docVIP

已知基因序列，已知上下游引物， 如何在genebank里获得扩增出来目标基因的bp数？ 例：我们已知犬TLR7全部基因序列和试剂公司上下游引物序列 在genebank里获得犬TLR7全部基因，/nuccore/114326360 单击“FASTA”，因为在后面的对比中基因序列要求是FASTA格式，可将其粘贴于word中或暂时不关闭该网页。 打开另一空白网页，进入/Blast.cgi，单击“nucleotide blast” 系统会自动进入新页面： /Blast.cgi?PROGRAM=blastnBLAST_PROGRAMS=megaBlastPAGE_TYPE=BlastSearchSHOW_DEFAULTS=onLINK_LOC=blasthome，如下图，勾选橙色方框中的选项（对比选项） 系统会自动进入新页面： /Blast.cgi?PAGE=MegaBlastPROGRAM=blastnBLAST_PROGRAMS=megaBlastPAGE_TYPE=BlastSearchSHOW_DEFAULTS=onBLAST_SPEC=blast2seqQUERY=SUBJECTS=，（注意在勾选“Align two more sequences”后下面对话框的改变） 将上游（或下游，注意不是把上下游引物一起填入，一次只能对比一条引物！！）引物的反向互补链以FASTA格式填入（键盘操作：即大写录入）上面的对话框中（橙色）；将TLR7全部基因以FASTA格式粘贴进下面的对话框中（绿色）。 这里解释哈什么是上游引物的反向互补链：已知上游引物’-3’序列是TTTATCTGGATGGAAACCAG,按照碱基配对原则其3’-5’互补序列应该是AAATAGACCTACCTTTGGTG；那么其反向互补序列5’-3’是：GTGGTTTCCATCCAGATAAA。这里需要注意的关键就是碱基方向，一定要分清是5’-3’还是3’-5’。反向互补是包含了两个步骤滴~~这步一旦出错，后面就是白费劲咯！！ 单击该页面最下面“BLAST”选项 系统自动进入新页面：/Blast.cgi，向下拉动页面结果就在标题为“Alignments”的部分。 可以看到“Alignments”里有很多组配对的碱基，我们只需要看第一个（绿色框中），结果显示上游引物是从TLR7的484bp处（红色圈中）开始扩增的，记下这个数字。 用下游引物，重复“2→6”，结果显示如下： 结果显示下游引物是从TLR7的549bp处开始扩增的，到571bp（绿色圈中）处截止。 所以用这对上下游引物扩增出来的目标片段大小=571-484+1=88bp 嘻嘻大功告成！！！