蝗虫COX2基因序列分析.docx

提高性实验报告实验课题：锥头蝗科昆虫COX2基因序列分析（实验类型：综合型设计性应用性）专业名称：生物科学实验课程：动物学实验时间： 2014 年11月专业班级：1201班姓名：徐建波学号：201224140106生命科学学院生物学实验教学示范中心锥头蝗科昆虫COX2基因序列分析1、本研究的目的和意义本研究采用从核酸数据库GenBank中下载锥头蝗科（Pyrgomorphoidea）部分种的线粒体全基因序列及部分其他种属的全线粒体基因序列进行分析，并利用各种软件建立系统发育树，对锥头蝗部分类群之间的系统发育关系进行研究。同时希望通过对锥头蝗部分种线粒体基因组的分析，为研究锥头蝗科以及整个直翅目类群的系统发育关系提供新的信息。2、材料与方法2.1-1分子系统发育分析方法：现在已发展多种构建系统发育关系的方法，分为数值分析法(numerical method)和性状分析法(character state method)两大类[32]。数值分析法，首先将序列数据转化为距离矩阵(distance matrix)，确定两个序列的差异，然后去构建系统发育树。距离矩阵分析，最简单的是通过计算差异百分比。该法在序列差异率较低时适用，但差异超过10%。有些因素(突变数目达饱和、回复突变)会影响该法分析的结果，需调整距离分析的方法。最简单方法只考虑较常发生的突变，如不考虑蛋白质编码序列的第三密码子，或者将DNA翻译成蛋白质，用转译的氨基酸序列构建距离矩阵，或者只计算颠换突变，忽略更常见的转换。还有两个计算距离的方法，都考虑突变饱和和回复突变，Jukes and Cantor的单参数法，假定所有类型的突变都同等可能发生Kimura的双参数法，允许转换、颠换有不同的速率。从距离矩阵建立系统发育树的方法包括：UPGMA法(unweighted pair group method using arithmetic average, Soka1, 未加权配对算术平均法)，聚类分析的方法，比较简单直观，应用最广。但当各分支分子进化速率变异较大时，在建树过程会引入系统误差，产生扭曲甚至不正确的树。两种较为复杂的方法，转换距离法TD (transformed distance method)和NJ法(neighbor joining method, Saitou and Nei, 邻接法)，不需要所有分支进化速率一致，应用时用外群作为参证物种。性状数据分析方法，首先要筛选对系统发育分析有用的位点一信号位点(informative site)，即在所比较的序列中存在变异而且在所比较的序列中至少出现2次(至少在2个序列中出现)的位点，构成序列性状集，然后用系统发育方法去分析。其中以基于简约性标准的支系分析方法 (简约性方法) 应用最广。简约性标准是指可能的系统树中具有最少额外进化数目的树为最优树，目前最常用的方法是最简约法(maximum parsimony)，也称Wagner简约法，对性状进化的假设少，所建成的树一般都具有较少的进化改变 (树长最短) 。最简约法可通过流行的计算机算法PAUP(Swofford,1990)[33]和PHYLIP子程序DNAPARS(FeIsenstein,1993)[34]进行。由于每一种系统分析方法有其局限性，可能的话，用数值法和性状法一起分析，并按不同序列特点选择相适的方法更好。当数据的来源不一时，即多源数据集，则用联合数据集的方法；联合数据集包括超矩阵 (Supermatrix) 和超树 (Sepertree) 两种，超矩阵是先将不同来源的基因组合在一起，形成一个数据集，然后再进行比对、建树、系统分析。而超树则是先将各个不同来源的基因进行系统分析，重建系统发育树，然后再将这些系统发育树组合起来，形成超树。但是，由于建立联合数据集的基因是不同来源的，所以在用此种方法分析时，要进行数据集相合性检验 (Incongruence Length Difference test, ILD)。它是对不同来源或不同性质的数据集在联合分析之前进行数据同源性检验的一种方法。是建立在“同型形状增加时系统树的准确性下降”假设基础上。其原理是：如果数据集之间是同质性的，则在这些数据集之间随机地分配形状后形成的最优树与各自原数据集的最优树无显著差异。但是要在PUAP软件上进行ILD[33]。 2.1-2分子系统发育树的构建方法：用统计方法重建系统发育树分别起始于形态学性状的数值分类学和分析基因频率数据的群体遗传学。在这些方法中发展起来的某些统计方法至今仍然用于分子数据的系统发育分析。随着后来的发展，新的方法不断出现，目前，构建系统发育树的方法主要有以下几种[35]：(1) 距离矩阵法(distance-matrix methods)；(2) 最大