高密度SNP芯片对肉牛育种方法的改进内容概要.PDF

2011-11-25 高密度高密度SNPSNP芯片对肉牛芯片对肉牛 育种方法的改进育种方法的改进 报告人：张清峰 单 位：菏泽学院 2011年11月25 日 内容概要内容概要 牛高密度SNP芯片 全基因组选择 多群体全基因组选择模拟研究 肉牛全基因组选择研究 小结 1 2011-11-25 一、牛高密度SNP芯片 AffymetrixAffymetrix公司商业化发展的第公司商业化发展的第一个高个高 密度、高通量的基因分型法是10k SNP芯片。 Illumina 2010年推出了50k Bovine SSNP高密度芯片高密度芯片。。 Illumina 和Affymetrix 公司相继推 出了800k高密度SNP芯片。 一、牛高密度SNP芯片 50k50k SNPsSNPs约包含约包含2.87Gbp2.87Gbp，，约每约每6060 kbkb有有11个个 SNP；800k SNPs每3.8 kb为1 SNP。 为了减少品种间信息含量的偏斜，800K芯片是 Illumina Bovine SNP50 DNA池的样本来自 根据大量不同品种的测序结果设计的。 安格斯、荷斯坦以及美国一群重要肉牛品种的公牛 800KSNP芯片在所有牛品种中的平均等位基 因频率较高，也包含许多低等位基因频率位点。 2 2011-11-25 二、全基因组选择 全基因组选择全基因组选择 （（GGenomiic se llectition，GSGS ）） 是一项动物育种新技术 全基因组选择（GS）在纯种中表现出较 高的准确性 全基因组选择(GS)在肉牛育种应用中挑战 三、多群体模拟研究三、多群体模拟研究 3 2011-11-25 三、多群体模拟研究三、多群体模拟研究 Training Test training size Test size accuracy population population A 1500 A 500 0.84158 B 500 0.41865 AB 500 0.65052 B 1500 A 500 0.47710 B 500 0.85320 AB 500 0.66542 A+B 1500(A =B =750) A