巴马小型儿猪经典SLA-Ⅰ类及Ⅱ类基因克隆及生物信息学分析.pdf

摘要 猪主要相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC ），也称为猪白细胞 抗原（swine leukocyte antigen,SLA ），是存在猪的 7 号染色体上的一个高度多态、紧 密连锁的基因群，具有十分重要的生物学功能。为了详细了解巴马小型猪 SLA 经典 Ⅰ类（SLA-1，2 ，3 ）和Ⅱ类（SLA-DRA，DRB1 ，DQA ，DQB1 ）基因在巴马小型 猪群体中的多态性、分布及进化关系，本研究通过对 7 个经典 SLA 座位的扩增，进 行克隆测序，确定了该群体中存在的等位基因，并对这些等位基因进行了相关的生物 学分析。由于该群体为自然基础群体，遗传背景比较复杂，群体样本量较大，SLA 基因的研究工作的克隆测序工作量太大，并且耗时长，成本较大，也为了避免出现重 复测序，研究中首先进行了微卫星的群体检测，明确个体间的进化关系。本研究选取 了世界粮农组织和动物遗传学会联合推荐的 10 个微卫星位点，通过对这些位点 PCR 扩增检测，使用相关软件分析了巴马小型猪群体的遗传多样性，并对该群体的 90 个 个体进行了进化树的绘制，根据分析结果挑出了 15 个差异性较大的个体进行 SLA 的 研究。整个研究获得以下结论: 1. 该群体中，10 个微卫星座位具有丰富的多态性，等位基因数目多，群体中有 效等位基因数量不平衡，各微卫星座位上优势等位基因明显，每个座位上均有一个或 2 个优势等位基因；10 个微卫星座位杂合度较高，各微卫星座位多态信息含量较高。 说明该群体内基因的一致性很差，变异性较大，选择的潜力非常大，该群体保持了丰 富的遗传多样性。这些数据为选择代表性的个体进行 SLA 多态性研究提供了有效的 依据。 2. 对巴马小型猪群体中 90 个个体聚类分析了个体间的进化关系，结合各微卫星 座位上等位基因的信息挑取了 15 个差异性较大的个体作为 SLA 基因研究的对象。 3. 在该群体中 3 个 SLA- Ⅰ类基因座位（SLA-1，2 ，3 ）上等位基因丰富，多态 性高，共发现等位基因 38 个，新等位基因 29 个， 4 个 SLA- Ⅱ类基因座位（SLA-DRA， DRB1 ，DQA ，DQB1 ）多态性没有Ⅰ类高，共发现等位基因数有34 个，但是新发现 等位基因只有 4 个。 4. 对于新发现的基因我们根据 SLA 基因的命名原则，分别给予临时命名。并将 新发现等位基因提交至 NCBI 数据库，获得登录号。 5. 该群体 7 个 SLA 座位上新发现等位基因与 NCBI 数据库中 SLA 和 HLA 等位 基因同源性均较高。 6. 该群体中，等位基因分布特征为各基因座位多态性高，每个座位上优势等位 基因明显，均有 1-2 个优势等位基因。 I 7. 7 个基因座位克隆测序获得的新等位基因序列均含有完整的开放阅读框， SLA- Ⅰ类 3 个基因都包括 8 个外显子，SLA-1 和 SLA-3 新等位基因序列都包含 1086 个核苷酸，编码 361 个氨基酸残基；SLA-2 新等位基因序列都含有 1095 个核苷酸， 编码 364 个氨基酸残基。SLA- Ⅱ类基因座位中，SLA-DRA 新的等位基因序列包含 759 个核苷酸，分隔为 4 个外显子区域，编码 252 个氨基酸残基；SLA-DQA 新的等位基 因序列都含有 768 个核苷酸，分隔为 4 个外显子区域，编码 255 个氨基酸残基； SLA-DQB1 新的等位基因序列包括 786 个核苷酸，分隔成 5 个外显子区，编码 261 个氨基酸残基。 8. 该群体中新发现等位基因与IPD-MHC 数据库中 SLA 等位基因聚类结果显示， 巴马小型猪群体的遗传多样性丰富，应用潜力很大。 关键词：微卫星，遗传多样性，猪白细胞抗原，多态性，亲缘关系 II Abstract The major histocompatibility complex (MHC) in swine, also known