prac1_autodock课件.ppt

MGLTools(MGL)/Autodock分子对接实例练习;安装python 2.5.2;MGLTools 1.5.4(~35MB);开始安装;完成安装;AutoDockTools (ADT);Vision: 一个可视化程序环境,封装计算方法进行流程工作;ADT;下载及安装Autodock: 最新版4.2.3;下载及安装Vina: 最新版autodock_vina_1_1_2_win32;如何安装AutoDock, AutoGrid和ADT于Windows? 两种方式： 新手：Windows 测试：Start-Run... -cmd.exe ：autodock4 安装Cygwin libraries: 一个Linux-like环境(可自行练习). . 安装指令: instructions for installing and setting up Cygwin 相关文档: documentation about Cygwin.;Cygwin版的:autodocksuite-4.2.1-i86Cygwin.tar.gz‘ $ whoami cd /cygdrive/c/Documents\ and\ Settings/YOUR_USERNAME/Desktop 解压.tar.gz: tar xvzf autodocksuite-4.0.1-i86Cygwin.tar.gz 生成bin/i86Cygwin. 拷AutoGrid 4 和AutoDock 4 .exe文件到/usr/local/bin: cd i86Cygwin cp autodock4.exe /usr/local/bin cp autogrid4.exe /usr/local/bin 打开一个新的Cygwin terminal输入: which autodock4 or which autodock3 结果会显示: /usr/local/bin/autodock4 你可以告诉ADT用:/usr/local/bin/autodock4和/usr/local/bin/autogrid3;如何安装AutoDock到Linux和Mac OS X? ;SOFTWARE;;SOFTWARE;Most common docking programs—trends in the percentage of citations per year for the five most common docking programs, analyzed from ISI Web of Science considering any of the original references asindicated in Table III.;1. 从哪开始运行ADT ？ ? ?大分子,配体文件放在同一个目录下, 在该目录下运行ADT。 2. 一定要添加H原子 ? ?大分子配体都要加H，计算gasteiger电荷，然后merge非极性H。极性H指的是和N，O相连的，非极性H指的是和C相连的。 3. 需要多少autogrid maps ? ? 需要ligand里每一个原子类型的map外加静电map和去溶剂化地图。分别计算 vdW + Hbond + desolv Energy和 Electrostatic Energy 。如果配体很多，则可以一次性把所有可能用到的原子类型的map都计算出来。 4. 残基的电荷为什么一定要是整数 因为假设了残基之间可以相互改变，而且没有电子和临近残基得失。例如质子化的ARG中，应该有一个＋1.000电荷，中性的应该0.000电荷。 5. 如何得到一个好的对接结果？一般说，配体越多可转键，重复对接中，越难发现好的结合模式。 6. 盒子需要多大？ 即使配体具有完全伸展的构象，grid体积也应大到至少允许配体自由旋转, 且还要完全包括活性口袋。 7. 不知道活性位点，如何对接？ 如不知活性位点，可建一足够大的grid，覆盖整个蛋白，用更大的grid spcing，不要局限于默认的0.375埃，在每个方向上添加更多格点（默认40）。然后查看配体有没有更好的位置。这个位置很可能就是活性中心。再减小盒子大小，把盒子中心定位在你找到的位置，进行更精确的对接实验。 8. 为什么两次对接结果不一样？ ? 因为是随机的遗传算法。所以一样的概率近似于0，但具有统计规律。 ;一 准备PDB文件;对接前需修改PDB文件;蛋白处理过程: 建目录：c:/ADtest下载1HSG.