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DNA计算机原理、应用与展望 摘要：自1994年DNA计算之父Adleman采用线代分子生物技术在试管中采用DNA分子的生化反应解决了有向图的哈密尔顿路径问题之后，DNA计算便迅速发展。本文从生物学和数学的角度阐述了DNA计算的基本原理；探讨了各种DNA计算模型，对DNA计算机的特点做了一个小结；对DNA计算机可能的应用领域做了探讨，最后对DNA计算机发展现阶段遇到的问题做了归纳总结并藉着问题的分析解决对DNA计算机未来发展予以探讨。 关键词：DNA计算，DNA计算机 DNA计算的基本原理 DNA计算的数学原理 从数学角度出发研究可编程DNA计算机方面取得了丰富的理论成果[f]。碱基互补与Twin—shufle语言有紧密的联系。一个字母表是抽象符号的有限非空集合，记为V，V 表示V的符号组成的所有符号串的集合。定义1：对于 x，y∈V* ，定义x和y的洗牌(Shufle)为： 其中定义2：对于字母表V，和它的补集，定义 Twin—shuff1e是．( 上 )(对于串 x∈V*,表示把x的每个符号分别替换为其相应的补得到的补串)。 从DNA的原理来看，它与数学操作非常类似。DNA的单链可看作由4个不同符号A、G、C和T组成的串。它在数学上就像计算机中的编码0和1一样，可表示成4个字母的集合Σ={A，G，C，T)来译码信息。DNA串可作为译码信息。酶可看作模拟在DNA序列上简单的计算。不同的酶相当于作用在DNA串上的不同的算子，如限制内核酸酶可作为分离算子；链接酶可作为链接算子，聚合酶可作为复制算予，外核酸酶可作为删除算子。取字母集v ?)，则 {Ql}，则 由{o，1，0，1}4个基本变量组成。这与组成DNA的4个碱基分为2个互补对 和{G，q相似。字母0，1被用作为必需的编码，补码0，l提供描述Twin-shufflej~言中字的任意计算所需要的结构。 下面讨论Twin．shufle语言与DNA双链的联系，假定如下的一个双链： ATCGTAGTA TAGCATCAT 首先按照上面的对应关系写出字母： 从上面2个字符串交替取出1个字母，可以得到字符串，它属于语言TS。因此从任意一个DNA双链用这种方法都可以产生一个属于TS的串。DNA计算可以实现任何计算，发展基于DNA的计算的关键问题是确定哪一种计算技术适合DNA计算。 DNA 计算的生物原理 DNA(脱氧核糖核酸 图1)是生物遗传的物质基础。1953 年, Watson 和Crick 通过X 射线衍射方法得出DNA 的双螺旋结构。DNA 双螺旋结构的骨架由脱氧核糖和磷酸基通过酯键交替连接而成, 两条骨架绕一共同轴心以右手方向盘旋, 相互平行而走向相反形成双螺旋结构。DNA 由4 种碱基: 腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶(分别简称为A, G, C 和T)组合而成, 碱基位于螺旋的内侧, 它们以垂直于螺旋轴的取向通过糖苷键与骨架糖基相连。碱基的排列组合存储着生物遗传信息。DNA 的一个重要特性是DNA 链可以通过碱基互补配对作用形成杂合的双链, 而且配对具有高度的特异性, 即A 只能与T, G 只能与C结合。同一平面的碱基在两条骨架之间形成碱基对。G 和C 之间有3 个氢键, 而A 和T 之间只有两个氢键。DNA 计算机即是通过这些特异性的配对作用而构建的, 即将运算信息排列于DNA 上, 并通过特定DNA 片段之间的相互作用来得出运算结果(图2)。事实上, DNA 分子即可以看作4 种不同的符号A, G, C,T 组成的串, 可以将字母集合Σ = {A, G, C, T}按照碱基互补配对原则进行编码。利用DNA 分子的特异性配对原理可以很方便地实现分子逻辑开关。美国Scripps 研究所Ghadiri 研究小组在2003 年提出了通过荧光标记的DNA 分子构建分子逻辑门的方法. 利用DNA 分子之间的配对作用和多种荧光分子之间的Foster 共振能量转移效应,他们构建了3 种光学逻辑门: AND, NAND和INHIBIT。我们此前则设计了一种完全由DNA 碱基构成的逻辑门 。 在这个工作中选用了一种铜离子依赖的DNA核酶(一种具有酶活性的特殊DNA 结构), 构建YES门, NOT 门等基本的逻辑门. 基于这一方法也可以实现逻辑门之间的连接, 形成较为复杂的逻辑门, 如AND(A, NOT(B), NOT(C))等[e]。 DNA计算模型 表面计算模型--SAT问题 DNA计算机的研制目前最好的成果是Wisconsin—Madison大学的Liu Qihuang等人做的表面计算，这使得DNA计算可在固体表面进行。Liu实现的是可满足性问题的解决。思想是将所有可能的解构造一个解空间。将可能解映射到DNA片断，这些片断两端分别与表面附着片断以及荧光标记片断联结，在金