蛋白质 α，β—结构.ppt

第5章 蛋白质的三维结构 3-dimisional structure of proteins 5.1 研究蛋白质构象的方法 5.2 稳定蛋白质三维结构的作用力 5.3 多肽主链折叠的空间限制 5.4 二级结构：多肽链折叠的规则方式 5.5 纤维状蛋白质 5.6 超二级结构和结构域 5.7 球状蛋白质与三级结构 5.9 蛋白质折叠和结构预测 5.10 亚基缔合和四级结构 蛋白质结构的组织层次 蛋白质的三维结构 蛋白质的天然折叠结构决定于三个因素： 1）与溶剂分子（一般是水）的相互作用 2）溶剂的pH和离子组成 3）蛋白质的氨基酸序列 5.1 研究蛋白质构象的方法 5.1.1 X射线衍生法 光源的光线（λ=500nm）投射在被检物体上，光波将由此散射，物体的每一小部分都起着一个新光源的作用。来自物体的散射光波含有物体构造的全部信息。 X射线衍射技术与显微镜技术的主要区别是： 光源不是可见光而是波长很短的X射线（λ=0.154nm），经物体散射后的衍射波，没有一种透镜能把它收集重组成物体的图像，而直接得到的是一张衍射图案(diffraction pattern)。衍射图案需要用数学方法代替透镜进行重组，绘出电子密度图(electron density map)。 5.1 研究蛋白质构象的方法 5.1 研究蛋白质构象的方法 X-ray studies 5.1 研究蛋白质构象的方法 5.1.2 研究溶液中蛋白质构象的光谱学方法 5.1.2.1 紫外光差谱 芳香族和杂环族 发色团的吸光性质与其结构相关，而结构又受它的微环境影响。 [示]差光谱（difference spectrum）是两种不同条件下的比较，通常选用变性（多肽链伸展的）蛋白质或天然蛋白质作为参比。从对比试验中可以推断蛋白质在特定条件下溶液中的大致构象。 5.1.2.2 荧光和荧光偏振 在大多数情况下由于吸收辐射能而被提升到激发电子态的分子都是通过激发能的非辐射转移给予周围分子而回复到基态。能量以热形式散失。 但也有分子将再辐射，这种现象称为荧光。 在蛋白质中Trp和Tyr残基是主要的荧光基团（内源荧光），其荧光峰位置（λmax）分别为348nm和303nm.，这些残基的微环境能明显地改变其荧光强度和荧光峰位置。 探索Trp和Tyr的微环境以及蛋白质分子构象的变化。 酪氨酸的吸收光谱与荧光光谱 5.1.2.3 圆二色性 圆二色性（circular dichroism，CD）。 平面偏振。 圆偏振光:右[手]圆偏振光，左[手]圆偏振光。 手性物质与左、右圆偏振光（EL，ER）的相互作用是不相同的，例如左手螺旋与EL有更强的相互作用，因而对EL和ER的吸收也不相同。由于手性物质对EL和ER这两种光的吸收（振幅减小）不同，便使左、右圆偏振光叠合成椭圆偏振光(elliptically polarized light)。这种光学效应称为圆二色性。 图5—6示出α螺旋、β折叠片和无规卷曲（randomcoil）构象的多态圆二色性光谱。 5.2 稳定蛋白质三维结构的作用力 共价键 非共价键 化学键 肽键 一级结构 氢键 二硫键 二、三、四级结构 疏水作用 盐键 范德华力 三、四级结构 蛋白质分子中的共价键与非共价键 稳定蛋白质三维结构的作用力 三、四级结构 5.2.1 氢键 氢键： 连在电负性强的半径小的原子上的氢原子与另一个电负性强的原子之间的相互作用。 x H···y x，y 的特点：电负性强；分子半径小；有孤对电子 代表: N，O，S原子等 氢键： 氢键的2个重要特征： 1. 方向性 2. 饱和性 O H H 氢键是稳定蛋白质二级结构的主要作用力 氢键： 范德华力：广义的范德华力（van der Waals force）包括三种弱的作用力：定向效应、诱导效应和分散效应 效应 分子或基团 偶极 偶极方向 图例 定向效应 极性分子或基团之间 永久偶极间静电相互作用 固定 诱导效应 极性与非极性基团间 永久偶极与诱导偶极间 固定 分散效应 非极性分子或基团间 瞬时偶极间 瞬时变化 5.2.3 疏水作用（熵效应） 水介质中球状蛋白质的折叠总是倾向于把疏水残基埋藏在分子的内部。 这一现象被称为疏水作用(hydrophobic interaction)或疏水效应，也曾不正确的称为疏水键。 疏水作用(hydrophobic interaction): 非极性分子进入水中，有聚集在一起形成最小疏水面积的趋势，保持这些非极性分子聚集在一起的作用则称为疏水作用。 疏水作用 对蛋白质来说，在水相溶液中，球状蛋白质的折叠总是倾向于把疏水残基埋藏在分子的内部，