禽脑脊髓炎病毒基因组的BLASTN-P分析.docVIP

　　禽脑脊髓炎病毒基因组的BLASTN/P分析 【关键词】 禽脑脊髓炎病毒；基因组；BLASTN/P分析 　　Abstract Objective：To provide reference for the taxonomy of avian encephalomyelitis virus(AEV) from the genome level.Methods：The BLASTN/P searching of AEV-associated Picornaviridae genome and polyprotein atics methods, the most identity sequence e and polyprotein from the NCBI GenBank.Results：AEV have the most identity yelitis virus;Genome;BLASTN/P analysis 　　禽脑脊髓炎（Avian Encephalomyelitis, AE）又称流行性震颤（Epidemis Tremor）是由禽脑脊髓炎病毒（Avian Encephalomyelitis Virus, AEV）引起的以侵害幼鸡为主的急性、高度接触性传染病［1-2］。AEV属于小RNA病毒科的一个成员，呈球形，无囊膜。电镜检测表明，AEV粒子具有20面体对称和有32～42个壳粒的5重对称，直径为22～25nm［3-5］。 　　AEV基因组长为7055 nt（编码的多聚蛋白由2 134aa组成），其基因组结构与其它小RNA病毒相似，即整个基因组相当于一条成熟的mRNA分子，且3’端有poly A尾，与真核mRNA相类似；另外，其基因组编码区编码11种蛋白，这又类似于原核生物mRNA的多顺反子结构。编码蛋白呈434结构，即基因组编码区编码的“多聚蛋白”从N端到C端依次为：结构蛋白P1区（裂解为1A、1B、1C和1D共4种外壳蛋白）、非结构蛋白P2区（裂解为2A、2B和2C蛋白）和P3区（裂解为3A、3B、3C和3D蛋白）。小RNA病毒基本上具有相同的基因复制特点，它们都是由一个共同的祖先经过长期进化形成的异质群(quasispecies)。 　　BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是目前国际上3大生物信息中心数据库之一的美国国立卫生研究院和国家生物技术研究中心(The National Center for Biotechnology Information, NCBI)开发的同源性检索软件，是一套在DNA数据库或蛋白质数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST在一定程度上起到核酸杂交试验的作用，所以又称为 电子 杂交。BLASTN是从核酸序列到核酸库中的一种查询，所输入的序列将与库中存在的每条已知序列作一对一的核酸序列比对。BLASTP是从蛋白序列到蛋白库中的一种查询，所输入的序列将与库中存在的每条已知序列作一对一的氨基酸序列比对。BLAST为目前生物信息学(Bioinformatics)研究上极为重要的工具，特别是在数据库的搜寻、与核酸或氨基酸序列相似度的比对方面，是目前使用最为广泛的应用方法［6-8］。 　　本文利用生物信息学方法，对AEV的基因组序列用NCBI网站提供的BLASTN和BLASTP程序进行生物分子序列数据库搜索，试图通过数据库的搜索找到与AEV核酸序列和蛋白质序列具有最大同源性的序列，为AEV的属种划分提供依据。 　　1 材料与方法 　　1.1 AEV全基因组及多聚蛋白序列 AEV全基因组及多聚蛋白序列于NCBI的核酸序列数据库GenBank（登录号NC_003990）。 　　1.2 分析方法 通过NCBI BLASTN/P在线分析系统，用AEV全基因组序列及其编码的“多聚蛋白”序列分别搜索非冗余核酸序列和蛋白序列数据库，找出与AEV具有较高序列同源性的基因组序列和蛋白序列。 　　2 结果与讨论 　　AEV全基因组的NCBI BLASTN分析结果 结果表明AEV在基因组的1 261～1 304（44nt）、1 533～1 597（65 nt）和5 337～5 371（35nt）区域与HAV的相应基因区域存在88%、84%和91%的同源性。其中前两处均位于基因组的3C区域，最后一处位于3D区域，而在其它区域显著相似的序列片段较少，见图1。 　　图1 AEV全基因组核酸序列数据库搜索结果（略） 　　1、2、3为与AEV具有较高序列同源性的甲型肝炎病毒（HAV，GenBank登录号NC_001489）基因片段 　　AEV基因组编码的多聚蛋白序列NCBI BLASTP分析结果 搜索结果表明，在AEV多聚蛋白的1～733aa区域