大肠癌组织与癌旁正常组织基因差异表达图谱及信号通路研究.PDF

浙江浙江医学医年第年第3939 卷第卷第99 期期 大肠癌组织与癌旁正常组织基因 差异表达图谱及信号通路研究 洪朝金 卢丽琴 郭勇 钦志泉 【摘要 】 目的 筛查人大肠癌肿瘤组织与相应癌旁正常组织差异表达基因。方法 应用NimbleGen 基因芯片检测4 例大肠 癌肿瘤组织及相应癌旁正常组织基因表达谱，并以RT-PCR 技术对部分基因芯片检测结果进行验证，利用生物信息学方法对检测结 果进行分析。结果 大肠癌肿瘤组织和癌旁正常组织差异表达基因共5 042 条，其中表达水平上调3 399 条，下调 1 643 条，这些基 因涉及多个信号通路。结论 本研究结果可为寻找大肠癌分子标记物和探索大肠癌发生的分子机制提供实验依据。 【关键词】 大肠癌 基因芯片 基因表达谱 生物信息学 Differentially expressed genes in colorectal cancer tissues and adjacent normal tissues China 【Abstract 】 Objective To screen the differentially expressed genes in human colorectal cancer (CRC) tissue. Methods NimbleGen gene expression array information were used to detect the gene expressions of CRC tissue paired with normal colorectal tissue. The microarray findings were confirmed by real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR).The results were analyzed by bioinformatic technique. Results Compared with normal tissues, a total of 5042genes with more than 2-fold differential expression were detected in CRC tissues, of which 3399 genes were up-regulated and1643 genes were down-regulated. These genes involved multiple signaling pathways. Conclusion The results may provide experimental basis to seek for molecular markers and to investigate the molecular mechanism of colorectal cancer. 【Key words 】 Colorectal cancer Gene chips Gene expression profiles Bioinformatics 大肠癌是人类高发恶性肿瘤之一，近年来其发病率 腺癌，其中，48 岁 性患者为乙状结肠腺癌（pT4aN1M0/ 和死亡率在我国呈上升趋势，患者趋于年轻化，因此，研 芋B 期），62 岁女性患者为乙状结肠腺癌（pT3N2aM0/ 芋 究其发病机制显得尤为重要。本研究采用基因芯片技术 B 期），62 岁 性患者为乙状结肠腺癌 （pT3N0M0/ 域A 检测大肠癌肿瘤组织与癌旁正常组织的基因表达差异， 期），68 岁女性患者为横结肠腺癌（pT3N1M0/ 芋B 期）， 并利用生物信息学方法对检测结果进行分析，探讨大肠 诊断标准参 中华人民共和国卫生部医政司制定的《中 癌的发病机制, 寻找大肠癌分子标记物和探索大肠癌发 国常见恶性肿瘤诊治规范》（2011 版），TNM 临床分期采 生的分子机制提供实验依据。 用AJCC 制定的标准（2007 年版）。 1.2 主要仪器及试剂 微量