hsa-mir-1246在食管癌细胞株中的表达及其生物信息学分析.pdfVIP

广东医学 2013年2月第 34卷第3期 GuangdongMedicalJournal Feb．2013，Vo1．34，No．3 · 341 · hsa—mir一1246在食管癌细胞株中的表达及其 生物信息学分析 付海龙 ，蒋森 ，张向君 ，赵亚萍 ，赵兵 中国人民解放军第八二医院 检验科，医务处 (江苏淮安223001) 【摘要1 目的 检测食管癌细胞株 KYSE一150和正常食管上皮细胞株Het一1A中hsa—mir一1246的表达， 并对hsa—mir一1246进行靶基因预测及相关生物信息学分析，为深入研究hsa—mir一1246在食管癌发生、发展过 程 中的分子机制提供理论依据和实验基础。方法 应用qRT—PCR技术检测食管癌细胞株 KYSE一150中hsa～ mir一1246的表达水平，并与正常对照细胞株对比；通过miRBase、NCBI、UCSCBrowser等在线工具分析hsa—mir一 1246序列；应用TargetScan、miRanda及miRBD预测hsa—mir一1246的靶基 因，进行功能富集分析和信号通路富集 分析。结果 (1)食管癌细胞株 中hsa—mir一1246表达水平明显高于正常对照细胞株 (86．67-4-16．87us30．95± 11．51，P0．05)。(2)miRNA一1246在人类同源的物种之间具有高度保守性。(3)3种预测网站得到hsa—mir一 1246靶基因分别为 114个、5983个、398个，交集为 13个。(4)hsa—mir一1246靶基 因功能分别富集于转录的调 控、信号转导、染色质修饰、细胞周期等生物学过程 (P0．001)，涉及基底细胞癌、神经胶质瘤、Wnt信号通路、长 时程增强效应等信号转导通路 (P0．05)。结论 hsa—mir一1246靶基 因参与肿瘤发生的多种生物学过程，提示 hsa—mir一1246可能与食管癌的发病机制密切相关。 【关键词】 食管癌；hsa—mir一1246；生物信息学；靶基因 Expression andbioinformaticsanalysisofhsa——mir——1246in human esophagealsquamouscellcarcinomacell line． FUHai—long ，JIANGSen，ZHANGXiang-jun，ZHAOYa—p ，ZHAOBing． Laboratoryofthe82ndHos— pitaloftheP ，Huaian223001，China Correspondingauthor：ZHA0Bing．E—mail：zyp82yy@yahoo．con．cn A【bstract】 Objective Tolayfoundationsandprovidetheoreticalbasisforthefurtherstudiesonmolecularmech． anismsofhsa—mir一1246inhumanesophagealsquamouscarcinoma，thisstudyinvestigatedtheexpressionofhsa—mir一 1246inhumanesophagealsquamouscarcinomacellline(KYSE一150)，andpredicteditstargetsbybioinformaticsanaly— sis．M ethods Theexpressionofhsa—mir一1246wasassessedbyqRT—PCR．TargetScan．mirandaandmiRBDwere usedtopredicttargetgenesofhsa—mir一1246，andtheresultswasanalyzedbyGeneOntology(GO)andpathwayanaly— sis．Results (1)Theexpressionofhsa—mir一1246inhumanesophagealsquamouscarcinomacelllinewassignificantly higherthanthatinhumanesophagealepithelialcellline(86．674-16．87ys30．95-411．51，P0．05)．(2)ThemiR一 1246washighlyconservedamongthespeciesofthehumanhomolog．(3)Thi~eentargetgeneswerepredictedbythein— tersectionofTar