hsa-miR-21的生物信息学特征分析.pdfVIP

医 版 东南大 学学报 学 JSoutheastUniv MedScEddi、 2。…l3，，F…eb，；32一(＼1)／：6…‘。。64。 · 60 · uth tUniv SciE So eas (Med hsa-miR一21的生物信息学特征分析 黄海进，徐广峰，焦峰 (中国人民解放军第82医院，江苏淮安 223001) [摘要]目的：观察人消化道肿瘤细胞株hsa—miR。21表达水平，通过生物信息学预测hsa。miR2‘1的靶基因， 进一步分析其潜在功能，为其后续功能研究提供依据。方法：应用实时荧光定量 PCR技术检测人 胃癌细胞 株AGS、人胆管癌细胞株QBC939、人食管鳞状细胞癌细胞株ECA109以及正常人食管上皮细胞株Het一1A中 hsa—miR一21表达水平；应用pubmed检索hsa-miR2‘1已知相关文献；应用miRbase和NCBI数据库分析hsa— miR-21序列保守性和所在基因组特征；应用TargetScan、PicTar及miRanda预测hsa-miR一21的靶基因，并对 其进行功能富集分析和信号转导通路富集分析。结果：(1)AGS、QBC939细胞株中hsa—miR一21表达水平显 著上调，明显高于Het一1A细胞；(2)已有研究证实hsa-miR一21与多种肿瘤相关；(3)miR一21在多个物种间 具有序列保守性；(4)Hsam‘iR一21靶基因主要参与转录调控、信号转导和Notch信号通路的正向调控等生物 学过程，涉及Notch、细胞周期和轴突导向等信号转导通路。结论：hsa—miR一21可能通过调控多个信号通路参 与消化道肿瘤的发病机制。 [关键词]hsa—miR一21；微小RNA；生物信息学 [中图分类号]R318．04 [文献标识码]A [文章编号]1671—6264(2013)01—00600‘5 doi：10．3969／j．issn．1671。6264．2013．01．014 BioinformaticAnalysisofhsa。。m iR_21 HUANGHal。jin，XUGuang。feng，JIAOFeng (／he82ridHospitalofthePLA，Huaian223001，China) [Abstract]objective：Toinvestigatehsa。miR。21expressionlevelsinalimentarytractcarcinomaandpredict targetsandfunctionsofhsa。miR一21bybioinformaticanalysisforfurtherstudy．M ethods：Theexpressionlevelsof hsam‘iR一21inAGS，QBC939，ECA109andHet。1Acellslinesweredetectedbytherealt‘imequantitativePCR technology．Thecurrentstudiesofhsa—miR 21werereviewedbypubmed．Thesequenceconservationandgenome characteristicsofhsa‘miR 2‘1wereanalysedbymiRbasedatabaseandNCBI．TargetScan，PicTarandmiRanda wereused topredictthetargetgenesofhsa。miR一21．ThefunctionsofthetargetgeneswerepredictedviaGene ontoloyg (GO)analysisandPathwayanalysis．Results：Hsa。miR’21expressionlevelsinAGSandQBC939cells weresignificantlyincreasedthanthatinHet一1A cells．Previousstudiesshowedthath