miRNA-21转录调控因子的生物信息学分析.pdfVIP

第 37卷 第 1期 中山大学学报 (医学科学版) Vo1．37 No．1 2016年 1月 JOURNALOFSUNYAT-SENUNIVERSITY(MEDICALSCIENCES) Jan． 2016 miRNA一21转录调控因子的生物信息学分析 刘海荣 ，谢斌辉 ，黄国红 (赣南医学院第一附属医院1．介入科，2．肝外科 ，3．CT室，江西赣州 314000) 摘 要：【目的】探讨miRNA一21转录调控因子AP一1、STAT3、NFI1、CBP、EBP、TGF—p、BMP一6、GFI1的结构特征及其与 miRNA一21转录结合位点。 【方法】利用生物信息学工具分析miRNA一21转录调控因子的理化性质、三级结构、跨膜区、信号 肽、亚细胞定位及预测与miRNA一21转录结合位点。【结果】等电点分析表明STAT3等电点小于7．0，其余 7个转录调控因子 等电点大于7．0；脂溶指数分析显示，EBP脂溶指数大于 100，为亲水性蛋白，其余 7个转录调控因子脂溶指数均小于 100，为 疏水性蛋白；从不稳定指数分析结果可知，EBP不稳定指数小于40，为稳定蛋白，其余 7个转录调控因子不稳定指数大于 40．为不稳定蛋白 所有转录调控因子二级结构均由 一螺旋 、无规则卷曲和扩展链结构 3种形式组成 ；EBP有跨膜区，BMP一 6有信号肽 ，其余均无跨膜区或信号肽。亚细胞定位分析发现BMP一6位于细胞质中，EBP则位于质膜上 ，其余转录调控因子 位于细胞核中；所有转录调控因子三级结构呈现发夹型结构，并预测出6个转录调控因子与miRNA一21转录结合位点。 【结 论】miRNA一21转录调控因子呈现多样性特征，拥有典型的发夹型结构特征，可能有助于对miRNA一21转录表达调控 ，研究 结果将有助于开展研究基于miRNA一21的癌症治疗及其相关治疗药物的筛选 。 关键词：miRNA一21；转录调控因子；生物信息学分析 ；结合位点 中图分类号：Q285．5 文献标志码：A 文章编号：1672—3554(2016)01—0148—07 BioinformaticsAnalysisofTranscriptionFactorsofmiRNA-21 LIU Hai—rong．XIEBin-hui．HUANG Guo-hong (1．DepartmentofIntervention，2．DepartmentofLiverSurgery，3．CTRoom，TheFirstAffiliatedHospitalofGannanMedical University，Ganzhou314000，China) Correspondingto：XIEBin—hui，E-mail：xiebinhui2008@163．con Abstract：O【bjective】ToexplorethestructurecharacteristicsandbindingsitesoftranscriptionfactorsofmiRNA·21including AP一1，STAT3，NFI1，CBP，EBP，TGF—p，BMP一6andGFI1．M【ethods】Physicalandchemicalcharacteristics，three—dimensional structure， subcellularlocalization， andbindingsiteswereanalyzedusingthebioinformaticstoolsfortranscriptionfactors ofmiRNA一 21．【Results】Isoeleetriepointofmosttranscriptionfactorsaregreaterthan7．0．AliphaticindexanalysisshowedthatEBPproteinwas hydrophilicandtheotherswerehydrophobic