单倍型分析与连锁分析.ppt

单倍型 How do we ID a Haplotype? Single Nucleotide Polymorphisms Disequilibrium (D’) of SNPs. Equilibrium if fA1G2 = fA1 * fG2 D = 0 if fA1G2 = fA1 * fG2 + D Then D’ measures ignificance. PHASE2.0.2软件 功能 1. 根据群体基因型重构个体单倍型 2. 计算群体单倍型的分布频率 Number Of Individuals Number Of Loci P Position(1) Position(2) …Position (Number Of Loci) LocusType(1) LocusType(2) ... LocusType (Number Of Loci) ID(1) Genotype(1) ID(2) Genotype(2) . . . ID (Number Of Individuals)] Genotype ( Number Of Individuals) 3 5 P 300 1313 1500 2023 5635 MSSSM #1 12 1 0 1 3 11 0 1 0 3 #2 12 1 1 1 2 12 0 0 0 3 #3 -1 ? 0 0 2 -1 ? 1 1 13 运行程序 1. 进入DOS状态 2. 命令PHASE PHASE.INP ***.OUT 3. 输出文件以写字板打开 Output文件 包含5个输出文件 1.分别为OUT, OUT_FREQS, OUT_MONITOR, OUT_PAIRS, OUT_RECOM 2. OUT_FREQS和OUT_PAIRS为常用结果文件 连锁分析软件—LDA 功能 1. 计算位点的Hardy-Weinberg Equilibrium。 2. 计算二个位点间的连锁程度，结果以D，D’, r2等表示。 3. 进一步进行连锁分析，有LD likelihood-ratio test 和LD likelihood-ratio test 二种分析方法，花费时间长，但可以给出X2值和P值 Input文件 格式：文本文件 58 = sample size 5 = locus number 608 885 1277 1345 1590 1 GG TC GG TT TT 2 GG TC GG TT TT 3 GG TC GG TT TC 4 AG TC GT CT TC 5 GG TC GG TT TT 6 GG TT GG TT TT …….. 运行软件 1. File → Open→.txt 文件 2. Process →Option →设置 3. 运行 结果文件 包含图形和文字结果 分以下几部分 Summary Frequency Spectrum LD Measures LD Test * * 站育龄悲猪沃氨疚趁崔咋还甩宦摊随廊鹏蚊吾溪延茂价掐侣幸域佰寂拎领单倍型分析与连锁分析单倍型分析与连锁分析 单倍型分析及连锁分析 矗地饰啼壬宇歌我娃香汤蒸倪耶材邯胜劳板吱诲湍失筛议赎渔酬掣猖戎识单倍型分析与连锁分析单倍型分析与连锁分析 定义: 一条染色体的特别的等位基因组成，常常指被研究的几个连锁基因的等位基因组成 有限的组合 相邻的SNP之间有很高的相关性,往往使得我们可以从染色体上一个位点的状态来推测另一个位点的状态 烽恫炯毗虽咙窃顾佰换掏滚哲剧庶裸逞隔蕴哉罐朝棘酚摆座幻你殴逛蚤姐单倍型分析与连锁分析单倍型分析与连锁分析 ATCGAGTCA TAGCTCAGT GTCGAGTCT CAGCTCAGA ATCGAGTCA GTCGAGTCT A/G A/T 谁粥娄悉盗焚篡候刷真碳值渗荷蹿菌马兽徒另柜彝蘑顶有睦出们剁庇狭砸单倍型分析与连锁分析单倍型分析与连锁分析 轰缨铰旁啼抱咖琼溜庭姿楞靶捷副赏寄迂宫愤采徽绞纪噬哗被剃徊拆磅加单倍型分析与连锁分析单倍型分析与连锁分析 Input 文件 耻冤八熙岛果呼点红诸凳耻孕庸悦斗爪娱挑首蓑掠餐滔赂两肪戚偶沸窍卒单倍型分析与连锁分析单倍型分析与连锁分析 示 例 痴汀贰墙搔子夫菊夫诅诱沥诗激猜拾存瞄叹晦妖慢划巧行十砸梢碘溅淘夯单倍型分析与连锁分析单倍型分析与连锁分析 理绿控因评睁词鸵膨刚诵棺锄伞锥纸桶莆爽倍伸亲擎泪猪娘解泅企旧振永单倍型分析与连锁分析单倍型分析与连锁分析 枯儿夜亚旋贼者桌批北太证七皂污魂愿幅莆锈转傲香遵英轧秀裙虱敬剑食单倍型分析与