第一章分子模拟.ppt

Outline 1. The Theoretical Background 理论背景 2. Single Point Energy Calculations 单点能计算 3. Geometry Optimizations 几何构型优化 4. Frequency Calculations 频率计算 5. Reaction Pathways 反应途径 References Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, J. R. Foresman, A. Frisch, Second Edition Gaussian, Inc. Molecular Modelling, A. R. Leach, Addison Wesley Long-man Limited, 1996. 《量子化学》, 徐光宪等, 科学出版社. 《计算机辅助药物设计》，陈凯先等，上海科学技术出版社。 《蛋白质的结构预测与药物设计》，来路华， 北京大学。 《结构化学》，东北师范大学等，高等教育出版社。  Molecular Modelling的主要理论方法有： 1. Molecular Mechanics (MM分子力学) 2. Molecular Dynamics (MD分子动力学) 3. Electronic Structure Theory (电子结构理论) (Ab initio Methods) 4. Quantum Statistics (量子统计理论) 问题3：H原子与C原子若使用基组6-31+G*或6-31++G**，它们的基函数各有多少个？ 6-31+G* H: 2 C: 1 + 4 * 2 + 6+4= 19 (6d) 6-31++G** H: 2 + 3+1 = 6 C: 1 + 4 * 2 + 6 +4= 19 (6d) 1.3.5 High Angular Momentum Basis Sets 高角动量基组 高角动量基组是在分裂价层基组基础上增加多个极化基函数 6-31G(2d)是在6-31G基础上增加两套d轨道的函数。 6-311++G(3df,3pd)则增加了更多的极化函数，包括三个分裂的价键基组，在重原子和氢原子上加的弥散函数，在重原子上加的三套d函数和一套f函数，在氢原子上加的三套p函数和一套d函数。 1.3.6 Effective Core Potential Basis Sets有效核势能基组 第三周期以上的原子的基组很难处理。由于存在非常大的核，原子核附近的电子通过有效核电势方法(Effective Core Potential, ECP)进行了近似，这一处理同时也包含了相对论效应。其中，LanL2DZ是最有常用的基组。 STO-3G: [H-Xe] 3-21G:[H-Xe] 6-31G(d):[H-Kr] 6-31G(d,p):[H-Kr] 6-31+G(d):[H-Kr] 6-31+G(d,p):[H-Kr] 6-311+G(d,p):[H-Kr] 6-311+G(2d,p):[H-Kr] 6-311+G(2df,2p):[H-Kr] 6-311++G(3df,2pd):[H-Kr] 常用基组总结 * * 分子模拟基础 教师：李永健 Tel分子模拟 根据物理和化学的基本原理，建立一种以计算数据代替实验测量的研究方法，以获得化学信息。 （江元生院士） Gaussian03/GaussView The Theoretical Background 理论背景 Chapter One 1.1 Molecular Modelling (Computational Chemistry 计算化学) 方法1、2、3的共同点 a) 计算分子体系的能量、与能量有关的物理、化学性质。 b) 进行几何构型优化。在初始几何构型的附近寻找具有最低能量(local minimum)的平衡几何构型。几何构型优化是根据能量梯度（即能量对原子位置坐标的一阶导数）最小化得到的。 c) 计算分子振动频率。依据是能量对原子位置坐标的二阶导数矩阵。 Advantages 优点 方法很便宜。可用于大分子体系，如蛋白质，核酸等生物体系的模拟计算。 1.1.1 Molecular Mechanics  分子力学 Disadvantages 缺点 每一系列参数都是针对特定原子得出的,没有对于原子各个状态的统一参数。 计算中