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2017-08-20 发布于天津
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改变定义原核物种的基因组黄金标准;一、简介二、材料和方法三、结果与讨论四、推论;1、作为基因水平上原核物种划界的黄金标准，DNA-DNA 杂交 (DDH)已经运用了将近50年。DDH的使用对当前分类系统的构建具有最重要影响。 2、目前在基因组学领域，DDH在系统聚类方面似乎已经不合时宜，需要被新的分类方法取代。 3、平均核苷酸同源性（average nucleotide identity，ANI）方法根据基因组中直系同源基因间的比较确定微生物菌株间的亲缘关系。;一、简介;二、材料和方法; 454焦磷酸测序获取数据信息（NCBI、LPSN） ANIb和ANIm分析核苷酸频率和相关系数（TETAR) 核对基因组数据库 ;1、对物种描述更倾向于目前的基因型和表型，有时生态属性也被分类学家视为一个分类单位。 2、目前已报道的微生物物种全基因组序列，只有少数是来自模式菌株，其余大部分没有统一的标准。 3、到目前为止，以分类为目的的基因组序列的比较已经完成，她是基于BLAST计算来完成的。;ANIm计算方法所用的时间少，速度快，而且几乎拥有与DDH类似的精度;三、结果和讨论;三、结果和讨论; ANIb-黄色线 ANIm-红色线 TETAR-绿色线不同基因组片段大小计算时间的比较;左一：肉毒杆菌1 ANI=99.93% 左二：蜡样芽孢杆菌 ANI=85.33% 右一：肉毒杆菌2 ANI=82.37% ;1.大肠杆菌ATCC8739-BL21 2.脑膜炎奈瑟氏菌FAM18-O53441 3.幽门螺杆菌G27-J99 4.蜡样芽孢杆菌ATCC14579-Q1; 4、当前分类活动的主要制约因素之一是将要被分类的极端环境下的菌株难以人工培养。然而，基因组学研究第一次提供了从原始环境纯培养获得高质量的基因组信息的可能性。;四、推论;Thank You !