基因表达式程序设计综述-read.doc

基因表达式程序设计的原理与应用( 龚文引 蔡之华 (中国地质大学 计算机学院，湖北 武汉 430074) 摘 要：基因表达式程序设计（Gene Expression Programming，GEP）是最近几年才发展起来的一种新型的自适应演化算法，并且已经在很多领域的运用中取得了较好的效果。本文中主要阐述了GEP的基本原理、相关应用以及近几年来国内外GEP的研究现状。同时，也对GEP的在今后的研究提出也一些展望。 关键字：基因表达式程序设计，演化算法，适应度 中图分类号：TP301.6 文献标识码：A Principles and Applications of Gene Expression Programming GONG Wen-yin CAI Zhi-hua (School of Computer, China University of Geosciences, Wuhan 430074, China) Abstract: Gene expression programming (GEP) is the most recent development on the artificial evolutionary system and it has brought about a considerable increase in performance in many research fields. In this paper, I introduce the basic operational principles of GEP. Then I introduce the applications and the actuality of the research with GEP. In addition, I bring forward the prospect of GEP. With the instruction of GEP, I hope to be helpful to the corresponding research work. Keywords: gene expression programming; evolutionary algorithm; fitness 1、引言 基因表达式程序设计是由葡萄牙科学家Ferreira C[1].于2001年提出的一种新的基于基因型和表现型的自适应演化算法。GEP是从遗传算法[2]（Genetic Algorithms，简称GAs）和遗传程序设计[3]（Genetic Programming，简称GP）中发展而来。它在吸收了二者优点的同时，又克服了二者的不足之处。GEP与GAs和GP的最大区别就在于它们之间个体本性的不同：在GAs中个体是由具有固定长度的线性串（染色体）组成，因此，它可以利用简单编码解决简单问题；而在GP中个体是由具有不同大小和形状的非线性实体（分叉树）组成，所以，它可以利用复杂编码解决复杂问题[4]。 2、GEP的理论基础 2.1 GEP基因结构及编码 在GEP中，基因是由头部和尾部两部分组成。头部是由终结符和函数符号组成，而尾部则只能是由终结符组成。假设头部的长度为h，尾部的长度为t，则它们之间的关系为： (2.1) 其中：n表示在函数符号集中所需变量数最多的函数的参数个数（例如，在一般数学运算中，对于开方，n=1；对于乘号或加号，n=2。在逻辑运算中，对于IF，n=3；对于AND，n=2）。在公式（2.1）中，由于尾部与头部所具有的特殊关系，使得GEP的基因在任何遗传算子的作用下都不会产生句法上不正确的个体。 假设有如下函数表达式： （2.2） 显然，公式（2.2）的函数符号集F={+，-，*，Q}，终结符集T={a，b}，n=2。它可以被编码成一个K-表达式： + Q * * - b Q + a b b b a （2.3） 若设（2.3）中头部长度h=8，则尾部长度t=9，所以，这个基因的长度就等于17。如下所示： + Q * * - b Q + a b b b a a b a a （2.4） 在式（2.4）中，用黑体表示的部分是填充部分，在原来表达式中并不存在，在编码成基因时根据终结符集中的符号随机产生；前面一部分则是有效部分，即可以通过遍历表达式树而得到的符号序列。式（2.3）可以被描述成一个表达式树，如图1所示。 在把K-表