药物转录组学重点难点.docVIP

第七章 药物转录组学 第一节 概述 一、转录组的概念 转录组学（pharmacogenomics）: 是指某一生理条件下某个物种或者特定细胞类型产生的所有RNA的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。 二、转录组与基因组的关系 1.转录组来自于基因组,量小得多但重要（人类基因组包含有30亿个碱基对，其中大约只有3万个基因转录成mRNA分子，转录后的mRNA能被翻译生成蛋白质的也只占整个转录组的40%左右）。 2.转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。 三、转录组学 （一）概念 转录组学（transcriptomics），是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之，转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。 （二）转录组学研究方法 1. （1）基因芯片（gene chip）又称 DNA 芯片，指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于 400 ）探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。 （2）基因芯片的特点：操作简单，自动化程度高，序列数量大，检测效率高，应用范围广成本较低 （3）DNA芯片技术步骤： (芯片制备(样品制备(分子杂交④检测分析 2. 基因表达系列分析 （1）基因表达系列分析（Serial Analysis of Gene Expression，SAGE）是通过快速和详细分析成千上万个EST（express sequenced tags）来寻找出表达丰富度不同的SAGE标签序列，从而比较完整地获得基因组的表达信息。 （2）SAGE能够快速、全范围提取生物体基因表达信息，对已知基因进行量化分析。SAGE也能应用于寻找新基因。 （3）SAGE的主要依据有两个。 第一，一个9～10碱基的短核苷酸序列标签包含有足够的信息，能够唯一确认一种转录物。 第二，如果能将9碱基的标签集中于一个克隆中进行测序，并将得到的短序列核苷酸顺序以连续的数据形式输入计算机中进行处理，就能对数以千计的mRNA转录物进行分析。 （4） SAGE的主要过程： 第一阶段：SAGE文库的构建 第二阶段：SAGE文库的测序 第三阶段：标签序列的测序 3.规模平行信号测序系统MPSS (massively parallel signature sequencing, MPSS ) 是以基因测序为基础的新技术，其方法学基础是一个标签序列（10-20bp）含有能够特异识别转录子的信息，标签序列与长的连续分子连接在一起，便于克隆与序列分析。通过定量测定可以提供相应转录子的表达水平，也就是将mRNA的一端测出一个包含10-20个碱基的标签序列，每一个标签序列在样品中的频率（拷贝数）就代表了与该标签相应的基因表达水平。 4. RNA测序技术 (1)转录组测序技术，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。 (2)优点：避免亚克隆引入的偏差；测定序列更长更精确；可得到转录可变剪接序列；准确检测低表达基因，定量转录水平。 (三)转录组学的意义 以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步，也是基因表达调控的关键环节。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。通过测序技术揭示造成差异的情况，已是目前最常用的手段。 第二节 转录组学在药学中的应用 一、药靶候选基因的鉴定 药物靶标是指体内具有药效功能并能被药物作用的生物大分子，如某些蛋白质和核酸等生物大分子。那些编码靶标蛋白的基因也被称为靶标基因。事先确定靶向特定疾病有关的靶标分子是现代新药开发的基础。 （一）发现药物靶标的途径 有效单体化合物，基因表达差异，蛋白质表达差异，蛋白质相互作用等 （二）反义药物和siRNA药物 1. 反义技术(antisense technology)是通过碱基互补原理，干扰基因的解旋、复制、转录、mRNA的剪接加工乃至输出和翻译等各个环节，从而调节细胞的生长、分化等。 ?根据结合部位的不同分为反义DNA（asDNA）、反义RNA（asRNA）、自催化性核酶（ribozyme）。 2. 根据反义RNA的作用机制可将其分为3类： (1)Ⅰ类反义RNA直接作用于靶mRNA的S D序列和(或)部分编码区，直接抑制翻译，或与靶mRNA结合形成双链RNA，从而易被RNA酶Ⅲ 降解； (2)Ⅱ类反义RNA与mRNA的非编码区结合，引起mRNA构象变化，抑制翻译； (3)Ⅲ类反义RNA则直接抑制靶mRNA