11条白桦bpspl家族基因的生物信息学和表达分析-林业科学研究.pdfVIP

林业科学研究　２０１６，２９（５）：６４６ ６５３ ＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ 　　文章编号：１００１１４９８（２０１６）０５０６４６０８ １１条白桦ＢｐＳＰＬ家族基因的生物 信息学和表达分析 宁　坤，杨　洋，马述山，李慧玉 （林木遗传育种国家重点实验室 东北林业大学，黑龙江 哈尔滨　１５００４０） 摘要：［目的］研究白桦中ＳＰＬ转录因子的基因序列特征及其在不同时期不同组织中的表达规律。［方法］依据白桦 ４５个转录组测序结果，共获得１２条全长ＳＰＬ基因，依次命名为白桦ＢｐＳＰＬ１ＢｐＳＰＬ１２，对其中１１条ＢｐＳＰＬ进行了生 物信息学及基因表达特征分析。［结果］生物信息学分析发现，１１条ＢｐＳＰＬ均含有１个高度保守的ＳＢＰ结构域，且 基因长度差异较大，含有２ １０个不等数目的外显子，系统进化分析发现１１条白桦ＳＰＬ分属于六大类 ＳＰＬ蛋白； ｑＲＴＰＣＲ分析结果显示，白桦ＢｐＳＰＬ基因在不同时期的叶、顶芽、茎、雄花序中表达变化显著，多数ＳＰＬ基因在顶芽 中７月５日和８月２０日至９月２０日时期表达较高，除ＢｐＳＰＬ１基因外在雄花序从６月份到９月份的生长阶段中， ＳＰＬ的表达水平呈现逐渐升高的总体趋势。［结论］ＢｐＳＰＬ基因可能参与到了白桦顶芽和雄花序的生长发育过程。 关键词：白桦；ＢｐＳＰＬ基因家族；生物信息学；基因表达 中图分类号：Ｓ７９２．１５３ 文献标识码：Ａ ＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎｄＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＡｎａｌｙｓｉｓｏｆ１１ＢｐＳＰＬｓ ｉｎＢｅｔｕｌａｐｌａｔｙｐｈｙｌｌａＳｕｋ． ＮＩＮＧＫｕｎ，ＹＡＮＧＹａｎｇ，ＭＡＳｈｕｓｈａｎ，ＬＩＨｕｉｙｕ （ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＴｒｅｅＧｅｎｅｔｉｃＩｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔａｎｄＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＮｏｒｔｈｅａｓｔＦｏｒｅｓｔｒｙＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈａｒｂｉｎ　１５００４０，Ｈｅｉｌｏｎｇｊｉａｎｇ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］Ｔｏａｎａｌｙｚｅｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｆｅａｔｕｒｅｓａｎｄｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｒｕｌｅｓｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｔｉｓｓｕｅｓａｎｄｐｅｒｉｏｄｓｏｆ ＳＰＬｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｆｒｏｍＢｅｔｕｌａｐｌａｔｙｐｈｙｌｌａＳｕｋ．［Ｍｅｔｈｏｄ］Ｂａｓｅｄｏｎ４５ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｄａｔａｂａｓｅｓｏｆＢｉｒｃｈ，１２ ＢｐＳＰＬｇｅｎｅｓｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄａｎｄｎａｍｅｄａｓＢｐＳＰＬ１ＢｐＳＰＬ１２，ｏｆｗｈｉｃｈ１１ｇｅｎｅｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄ．［Ｒｅｓｕｌｔ］Ｂｉｏｉｎｆｏｒ ｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔａｌｌｔｈｅ１１ＢｐＳＰＬｓｃｏｎｔａｉｎｅｄａｈｉｇｈｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄＳＢＰｄｏｍａｉｎ，ｔｈｅｉｒｌｅｎｇｔｈｓｅｘｈｉｂｉｔｅｄａ ｈｉｇｈｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｏｗｎｅｄ２ １０ｎｕｍｂｅｒｓｏｆｅｘｏｎｉｎｇｅｎｅｔｉｃｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｓｉｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅ１１ ＢｉｒｃｈＳＰＬｐｒｏｔｅｉｎｓｂｅｌｏｎｇｅｄｔｏｓｉｘｍａｊｏｒｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ．ＴｈｅｑＲＴＰＣＲｒｅｓｕｌｔｓｓｕｇｇｅｓｔｅｄｔｈａｔｔｈｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｌｅｖｅｌｓｏｆｔｈｅ １１ＢｐＳＰＬｇｅｎｅｓｃｈａｎｇｅｄｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｐｅｒｉｏｄｓａｎｄｄｉｆｆｅｒｅｎｔｔｉｓｓｕｅｓ（ｌｅａｖｅｓ，ｔｅｒｍｉｎａｌｂｕｄｓ，ｓｔｅｍｓ，ｍａｌｅ ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅｓ）．Ｉｎｔｅｒｍｉｎａｌｂｕｄｓ，ｍｏｓｔＢｐＳＰＬｇｅｎｅｓｗｅｒｅｕｐｒｅｇｕｌａｔｅｄｏｎＪｕｌｙ５ａｎｄＡｕｇｕｓｔ２０ｔｏＳｅｐｔｅｍｂｅｒ２０． Ｉｎｍａｌｅｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅｓ，ｗｉｔｈｔｈｅｅｘｃｅｐｔｉｏｎｏｆＢｐＳＰＬ１ｗｈｉｃｈｗａｓｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｅｄｏｒｕｎｃｈａｎｇｅｄ，ａｌｌｔｈｅｏｔｈｅｒＢｐＳＰＬ ｇｅｎｅｓｅｘｈｉｂｉｔｅｄａｇｒａｄｕａｌｉｎｃｒｅａｓｉｎｇｐａｔｔｅｒｎｆｒｏｍＪｕｎｅｔｏＳｅｐｔｅ