MOE_2013.08_新功能介绍.pdfVIP

MOE 2013.08 新特性 加拿大化学计算集团(CCG) 公司新发布 MOE(Molecular Operating Environment)软件 2013.08 版本，此文档概述了一系列新特性、改进以及变化。分为三个部分——应用、康昱 盛定制版本改进以及核心系统来详细介绍过去一年中CCG 以及康昱盛对于软件所做的功能 改进。 现在Linux、Windows 和Mac OSX 默认MOE 版本均已升级到64 位。由于近些年Biologics 研发进展非常迅速，因此在新版本中，你会发现一系列新的Biologics 设计应用。同样在药 物化学领域，你也可以看到相当数目的改进，包括：构象搜索、建模、药效团、对接等—— 这些功能可以帮助药化学家加速他们的新药发现进程。 应用  新! Loop Modeler and Browser 用于蛋白loop 模建、浏览和嫁接的新功能。它使用 基于知识的方法或从头建模方法来进行 loop 建模， 可以用于融合蛋白linker 设计或单链抗体设计。  Protein Design Protein Design 应用功能目前有了如下改进:  平面系统 (如TRP, TYR, PHE) 作为刚体处理;  可以针对某条特定的链进行蛋白属性计算;  使用loop modeler 数据库.  Protein Alignment and Superposition Protein Align 目前使用 STOVCA 打分方法[Slater 2013] 来改进多序列匹配及结构叠合. 引入新的模 板指认方法来改进序列比对. Protein Superpose 新增 选项来进行仅基于结构的两两比对和叠合.  Domain Motif Search Domain Motif Search 中的二级结构定义目前基于 C-alpha 几何，取代原先的 DSSP.  Pharmacophore Query Editor  新! EHT scheme. EHT scheme 提供受体-配体 相互作用强度信息.  新! R-Strength. 使用R-Strength 选项可以在药 效团模型以及随后的搜索过程中包含受体强度 信息.  新! Undo/Redo. Undo/redo 键可以在药效团建 模中使用了.  新! Render popup. 新的渲染控制，方便选择渲 染类型、透明度和材料性质. 2013 © CloudScientific All Rights Reserved  Pharmacophore Consensus Pharmacop