Skyline处理已有定量试验数据.PDF

Skyline 处理已有定量实验数据 本教程介绍了如何处理不是基于 Skyline 创建的离子对列表进行的选择反应监测实验 （简称 SRM ；亦称为多重反应监测，简称 MRM）数据。本教程还介绍了如何使用 Skyline 处理加入了同 位素标记内标肽段的定量实验数据。 1 2 本教程将处理工具MRMer 发表时采用的数据，还将处理由 Addona 及其合作者 开展的跨实 验室研究（以下简称“study 7” ）所获取的数据。Study 7 是美国国家癌症研究所(NCI) 支持的癌症临 床蛋白质组学技术评估(CPTAC) 的一部分。在Study 7 计划中，CPTAC 验证工作组优先采用 Skyline 作为实验室间大规模研究的工具。因此，研究计划累积的数据为Skyline 提供了完善的测试，确保 Skyline 能支持验证工作组正在进行的实验类型。 即使缺少非 Skyline 创建的离子对列表，您仍然可以了解 Skyline 处理同位素标记肽段作为内标 的 LC-MRM 实验的数据的特点。特别是，如果您想以极高的可信度鉴定肽段的色谱峰，并匹配参 照肽段，Skyline 提供了良好的支持，能够帮助您实现这些目标。 入门指南 如要开始本教程，请下载下面的ZIP 文件： /tutorials/ExistingQuant.zip 将其中的文件解压到您的电脑上合适的文件夹中，如：C:\ Users\brendanx\Documents 该操作将创建一个新文件夹：C:\ Users\brendanx\Documents\ ExistingQuant 现在启动Skyline，将自动创建一个新的空白文档。 导入现有离子对列表之前，您应当尽可能多地向 Skyline 提供关于离子对列表设计和数据采集实验 方面的背景信息。要做到这一点，您可以在导入离子对列表之前，尝试调整文档的设定值。 准备接受离子对列表的文档 本教程开始时，首先要看看名为MRMer1 （其发音如英文单词的“murmur” ）的MRM 分析软件工具 提供的数据集。在查看和积分整合 MRM 色谱图方面，MRMer 是 Skyline 的前身。MRMer 发表时 采用的数据集产生于 2008 年，可以从其官方网页(/CPL/MRMer.html) 下 载。在MRMer 数据集中，所有肽段均源自于酵母菌，并且对应有国家标准与技术研究所(NIST) 谱 图库中的 MS/MS 谱图。这就意味着可以通过谱图库和背景蛋白质组，非常容易地向Skyline 提供 实验中所监测肽段的相关信息。“靶向方法编辑”教程详细介绍了创建谱图库和背景蛋白质组文件 的方法。在本教程中，您将使用已经准备好的文件，这些文件已经被压缩至完成本教程所需的最 小信息量，以便下载的ZIP 文件大小能控制在合理范围之内。 1 设置MRMer 文档的谱图库请按以下步骤操作：  在“设置”菜单上，单击“肽段设置” 。  单击“库”标签。  单击“编辑列表”按钮。  单击“编辑库”表单中的“添加”按钮。  在“编辑库”表单的“名称”字段内输入“Yeast_mini”。  单击“浏览”按钮。  导航至先前创建的ExistingQuant 文件夹下的MRMer 子文件夹。  选择仅包含本研究中使用的酵母肽谱图的“Yeast_MRMer_mini.blib”文件。  单击“打开”按钮。  单击“编辑库”表单中的“确定”按钮。  单击“编辑库”表单中的“确定”按钮。  选中“库”列表中新的“Yeast_mini”库。 “肽段设置”表单将显示如下： 2 现在设置MRMer 文档的背景蛋白质组，请按以下步骤操作：  在“肽段设置”表单中，单击“酶解”标签。  在“背景蛋白质组”下拉列表中，选择“添加……”。  在“编辑背景蛋白质组”表单的“名称”字段中输入“Yeast_mini”