草莓基因组中具有转录活性的Tycopia反转录转座元件的分离及其.DOC

附件2 论文中英文摘要格式 作者姓名：何平 论文题目：草莓中具有转录活性Ty1-copia反转录转座元件分离及转录特性分析反转录转座元件在植物基因组中广泛存在，它以高拷贝、高异质性和插入不可逆等特点成为基因克隆、生物多样性及系统发育研究的重要工具。草莓是无性繁殖的蔷薇科草本植物，近年来国内草莓生产快速发展。随着组织培养技术在草莓繁殖上的广泛应用，生产中发现一些微繁殖苗表现体细胞无性系变异现象。转座元件的转座发生是体细胞无性系变异的一个重要原因，本文在已知Ty1-copia反转录转座元件RT基因片段的基础上，通过染色体步移技术获得其全长序列，并将该转座元件的启动子与GUS基因构建成融合基因，通过分析转基因植株的GUS活性来解析草莓基因组中Ty1-copia反转录转座元件的转录特性。此外，开发建立了草莓的S-SAP分子标记技术，分析草莓品种和无性系间的遗传差异。主要结果如下：1 在已知具有转录活性的草莓Ty1-copia反转录转座元件的RT基因片段（260 bp）的基础上，利用染色体步移技术，从草莓基因组中分离出1条反转录转座元件的全长序列（5104 bp），命名为Fare1。下游步移和2步5上游步移，特异片段分别为1170，2739，856和3202 bp，重叠区域分别为64，366，78和105 bp，4步步移拼接后得到最长片段6066 bp在此区间包含了完全序列Fare1的基因编码的蛋白质按PR-INT-RT-RNaseH顺序排列，是典型的Ty1-copia反转录转座基因结构，与其它转座元件聚类分析进一步证明Fare1属于Ty1-copia反转录转座。Fare1具有Ty1-copia反转录转座不同区域的特征基序，包括GAG区域的C-C-H-C基序，PR区域的D（T/S）G位点，INT区域的H-H-C-C基序，RT区域的YVDD ML基序，RNaseH区域的KHIF）D （E）和AS）DX2TK基序，PBS区域特征序列TGGT，PPT位点特征序列AGGGG和LTR边界保守基序5′-TG-CA-3′ 等。 Fare1的LTRRT和RH区域的拷贝数是占草莓基因组的~0.4 %，占草莓Ty1-copia 类反转录转座元件的 3% 。除了核心启动子元件外，大多为逆境响应元件和激素应答元件Fare1反转录转座元件启动子NAA、2,4-D、ABAGUS基因表达Fare1反转录转座元件启动子草莓；Ty1-copia反转录转座元件；转录活性；S-SAP；无性系变异haracterization and transcriptional analysis of Ty1-copia active retrotransposon from strawberry genome He Ping ABSTRACT Retrotransposons are powerful tools for studies of gene cloning, biodiversity and phylogeny due to their ubiquitous distribution, high copy numbers, a considerable degree of sequence heterogeneity and irreversible insertion in plant kingdom. Strawberry (Fragaria spp.) is a kind of rosaceous herbaceous plant that propagates vegetatively. During the past years, strawberry production had been developed fast. Strawberry micro-propagation technique had been applied widely on the strawberry industry. The phenomenon of somaclone variation had been discovered in tissue culture plants, when they were transplanted in the field. One of the important facts of somaoclone is the retrotransposon’s transposition activity. In this study, based on isolating of RT sequence by degenerate primers aimed at RT conserved motifs, complete sequences