aprophos基于adaboost方法的蛋白质磷酸化修饰预测系统 aprophos protein phosphorylation prediction based on adaboost.pdfVIP

2007年第24卷第7期 微电子学与计算机 35 ， 预测系统 蔡津津1，赵杰煜2，王乐珩1 (1中国科学院计算技术研究所，北京100080；2宁波大学计算机科学技术研究所，浙江宁波315211) 摘要：磷酸化是最重要的蛋白质翻译后修饰之一，随着蛋白质磷酸化修饰数据不断积累，利用已有数据进行蛋 白质磷酸化修饰位点预测的条件日益成熟。利用修饰位点附近氨基酸性质取代氨基暧种类作为特征，对现有516 种氨基酸性质做了详细分析和筛选．提出了采用AdaB∞st方法进行特征选择和分类器训练的磷酸化修饰位点预 测系统ApmPhos，该系统在特异性高于已有预测系统(约2％)的基础上，大大提高了预测的灵敏度(约10％)，使磷 酸化位点预测方法用于提高磷酸化蛋白质质谱鉴定效率成为可能．并有发现磷酸化修饰位点氨基酸性质分布的潜 力。 关键词：磷酸化；预测；氨基酸性质；AdaBoost 中图分类号：’IP391 文献标识码：A 文章编号：100lO_7180(2007)07—0035_05 PredictionBasedon AproPhos：ProteinPhosphorylation AdaB00st CAI Jin-jinl，ZHAOJie—yu2，WANGLe-hen91 Instituteof of (1 100080China； Co耶叩utingTechnolo黟，Chine舱AcademySci蚰ces，Beijing 2I璐tituteof Science跚d 315211，Chjna) Computer Technology，NingboUniversi哆，Ningb0 oftllemost modificationB tlle Abstract：notein impon臼仉tpos卜tran8lational (删s)．witlI phosphorylati∞is蛐e recemincrea∞in site8 silico of proteinphospholylatedident击ed，iIlpredictionpotentialph∞phorylation《te8may facnitatetlleidentificationof new sites met}Iodnamed phosphorylatedprotein．Aph08phorylatedpmdiction Apr|0Ph08 as AdaB008ttofeatu弛$electionandcl鹪si6cation．Di珏bremf而motller usesaminoacid features锄d pmpenies applie8 melhodsw汕klwer me山odsho啪aboul predicfion 8ensitivi奶ollr lO％higllersensitiv毋鹳weⅡ鸽about2％lligher it eIllIance山e of identificationwitlltaIldemm勰s specificity．Somay emciencyphosphoryl