氢键在中性分子以及阴离子识别中作用的理论的分析研究.pdf

摘 要 分子识别在生命活动中起到了重要的作用，酶的催化作用、基因的复制与突 变、药物与受体的结合过程都与这一作用有关。因此，从更深层次的理论水平上 揭示分子识别中主．客体相互作用的本质，具有重要的理论意义和实际意义。 在本论文中，主要以修饰杯【4]芳烃，杯[4]Ⅱ}C咯和硫脲分子为代表，从分子 间以及分子内氢键的相互作用这两个方面，研究不同的主体分子对中性分子及阴 离子的识别。研究工作主要包括以下几个方面： 1．用分子力学和分子动力学模拟的方法研究了修饰杯[4】芳烃分子对酰胺分 子的识别。势能面扫描的结果表明客体分子进入主体分子空腔应以氨基端进入方 式为主。计算所得结合能趋势与NMR实验相‘致。分子动力学模拟表明复合物 含有双氢键的构象所占的比例与实验中获得的InK。『自j存在着线性相关，表明分 子间双氢键相互作用是形成复合物的重要驱动力。 2．通过建立参考体系，用分子力学和分予动力学模拟的方法研究了C．rim 修饰杯[4]吡咯体系分子内氢键的性质。当C—rim上为酯类、酸类和醛类取代时， 杯[4】吡咯环采用1，3-交替式结构，且分子内氢键的强度随侧链长度的增长，其 变化趋势为先增加，达到极大值后再减少；当c—rim上为醇类取代时，分子采用 1，2．交替式