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鲤TRAP分子标记的开发与应用 鲤TRAP分子标记的开发与应用 报告人：曲疆奇 报告人：曲疆奇 指导教师：董在杰研究员 指导教师：董在杰研究员 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 2010.9.9 背景介绍 背景介绍 * 鲤 (Cyprinus carpio)是世界上养殖范围最广的重 * 鲤 (Cyprinus carpio)是世界上养殖范围最广的重 要经济鱼类，在我国的淡水渔业生产中也占据着 要经济鱼类，在我国的淡水渔业生产中也占据着 重要地位。 重要地位。 * 淡水鱼类遗传标记辅助育种研究还处于起步阶段。 * 淡水鱼类遗传标记辅助育种研究还处于起步阶段。 足够量遗传稳定、多态性高的分子标记的获得对 足够量遗传稳定、多态性高的分子标记的获得对 于构建高密度遗传连锁图谱是至关重要的。 于构建高密度遗传连锁图谱是至关重要的。 * 鲤遗传结构研究主要应用的分子标记有 * 鲤遗传结构研究主要应用的分子标记有 RAPD (王成辉等，2003 ) 、SSR (常玉梅 RAPD (王成辉等，2003 ) 、SSR (常玉梅 等，2004 ) 、AFLP (David等，2001)等。 等，2004 ) 、AFLP (David等，2001)等。 标记特点： 标记特点： RAPD：操作简便,但是稳定性、重复性差，产率低。 RAPD： SSR：扩增得到的多为共显性标记,但是其引物的开发 SSR： 费时昂贵。 AFLP：精确有效广泛应用,但是操作步骤复杂和成本昂贵。 AFLP： TRAP标记 TRAP标记 * TRAP （Target Region Amplified Polymorphism ）目标 * TRAP （Target Region Amplified Polymorphism ）目标 区域扩增多态性（也叫靶位区域扩增多样性）（Hu and 区域扩增多态性（也叫靶位区域扩增多样性）（Hu and Vick ，2003 ） Vick ，2003 ） * 原理：利用生物信息学工具和表达序列标签(expressed * 原理：利用生物信息学工具和表达序列标签(expressed sequence tag , EST) 数据库信息设计引物, 对目标候选基因 sequence tag , EST) 数据库信息设计引物, 对目标候选基因 序列区进行扩增产生多态性分子标记。 序列区进行扩增产生多态性分子标记。 * 特点：基于PCR的标记技术，在植物基因组研究中，可 * 特点：基于PCR的标记技术，在植物基因组研究中，可 在一个PCR 中扩增出多达50个以上的可统计片段，片段大 在一个PCR 中扩增出多达50个以上的可统计片段，片段大 小在50bp-900bp之间，产生出与AFLP技术相媲美的图 小在50bp-900bp之间，产生出与AFLP技术相媲美的图 谱；象RAPD一样操作简单、易于建立；具有重复性好、 谱；象RAPD一样操作简单、易于建立；具有重复性好、 效率高和测序容易等特点。 效率高和测序容易等特点。 TRAP标记引物设计 TRAP标记引物设计 * 是双引物PCR技术 * 是双引物PCR技术 * 固定引物 （fixed primer ）依据所选定的目标候选基因、 * 固定引物 （fixed primer ）依据所选定的目标候选基因、 cDNA或者EST序列设计。 cDNA或者EST序列设计。 本实验选择鲤GH基因（Genbank ，M27000.1 ）、GHR基 本实验选择鲤GH基因（Genbank ，M27000.1 ）、GHR基 因 （AY741100.1 ）、GTH基因（X56497.1 ）、ATP基因 因 （AY741100.1 ）、GTH基因（X56497.1 ）、ATP基因 （GQ122326.1 ）作为目标候选基因。在线引物设计软件