与细菌共生研究体内有益菌的科学家开始思考：人体的功能到底由谁.PDF

與細菌共生 研究體內有益菌的科學家開始思考：人體的功能到底由誰當家作主？是由人類自 己，還是與人類共生的微生物？ 撰文╱阿克曼（Jennifer Ackerman ）翻譯╱涂可欣 重點提要 ■人體內的細菌細胞數是人類細胞的10 倍，然而研究人員直到最近，才開始了 解微生物對健康的助益。 ■有些細菌會製造人體無法合成的有益化合物，有些細菌則能訓練身體對外來威 脅不要過度反應。 ■電腦和基因定序技術的進步，讓研究人員可詳列出構成微生物群系的所有細菌 基因。 ■可惜的是，抗生素的使用和其他因素破壞了人體內有益的微生物，可能因而導 致自體免疫疾病和肥胖症的增加。 生物學家曾以為人類是獨立的生理島嶼，可以完全靠自己調節內部運作：我們的 身體會製造所有必需的酵素來分解食物，吸收其中的養份來供應和修護組織及器 官；各組織送出的信號宣告了身體的狀態，例如飢餓或飽足；免疫系統的特化細 胞會自我學習如何辨識並攻擊危險的致病微生物，卻不會騷擾身體健康的組織。 然而過去10 年來，研究人員證明人體並不全然是一座自給自足的孤島，更像是 一個複雜的生態系或一個社群網絡：我們的皮膚、生殖器、口腔、尤其是腸胃道 等處，居住著數兆個細菌和其他微生物。事實上，人體內絕大多數的細胞竟然不 是人類細胞，細菌細胞的數目是人類細胞的 10 倍；此外，由各種微生物和它們 的基因構成的微生物群系（microbiome ），並不會對人類造成威脅，反而協助了 從消化、生長到自我防衛等基本生理機制。 這就是所謂的人類「自治」！ 生物學家已詳細檢定了人體內最常見的微生物種類，最近他們開始調查這些居民 的特定效應，也因而對人體的運作和一些現代疾病（像是肥胖和自體免疫疾病） 越來越普遍的原因有了新見解。 種類繁多的共生細菌 每當提到人體內的微生物時，人們通常想到的都是病原體。的確有很長一段時 間，研究人員專注於會造成危害的病菌，而忽略了那些有益菌的重要性。美國加 州理工學院的生物學家瑪茲曼尼恩（Sarkis K. Mazmanian ）認為，這是因為我們 以扭曲的觀點看世界，他說：「我們的自戀使我們的思想受到局限，我們相信自 己擁有維護健康所需的一切功能，但不能只因為微生物是外來的、只因為我們終 生都可獲得，就認為它們不是我們重要的一部份。」 事實上，所有人在生命非常初期時即擁有一個微生物群系，即使出生時一無所 有，每個人都會從周圍環境中獲得自己的共生社群。由於子宮通常不含細菌，胎 兒一開始是無菌的個體，在通過產道時獲得了一些來自母親的共生細菌，這些細 菌開始繁殖；之後在哺乳以及驕傲的父母、祖父母和親朋好友照護的過程中，再 加上日常接觸床單、毛毯、甚至寵物，都讓嬰兒的微生物方舟迅速擴充。到了嬰 兒時期末期，我們體內已形成了一個地球上最複雜的微生物生態系。 過去五年來，科學家努力描繪出這個生態系的特性。這是一項異常艱難的工作， 舉例來說，許多已演化得能夠適應腸道擁擠又缺氧環境的細菌物種，難以在寂寞 寬闊的培養皿中進行培養。幸好研究人員找到避開這問題的方法：他們研究細菌 的遺傳指令（DNA 和RNA ），而不是整個細胞。由於DNA 和RNA 可在正常含 氧的實驗室環境下操作，科學家只需從體內取出微生物樣本、萃取其遺傳物質， 然後分析結果即可。 每種共生細菌都有它特有的標記：在細菌細胞負責製造蛋白質的核糖體內有一種 16S 核糖體RNA ，其對應基因在各菌種都是獨一無二的。只要定出這個基因的 序列，科學家就能編列出體內微生物群系的完整目錄，得知我們體內有哪些微生 物物種，並比較不同人之間的確切物種組合。 科學家的下一步是分析微生物社群的其他基因，來判定哪些基因在人體內活化， 又執行了哪些功能；這又是一件不容易的差事，因為菌種繁多，而且基因在萃取 過程中全都混合在一起了。雖然判定某特定細菌基因是否在人體內活化（或表現） 的方法很直接，但要找出這特定基因屬於哪個物種，卻又是另一回事。幸好，過 去 10 年來電腦功能越來越強大，基因定序也非常快速，讓過去不可能完成的分 類和分析任務，變成只是較為複雜的工作。 來自美國和歐洲的兩組科學家利用這些新技術，詳列出人體內的細菌基因。2010 年初，歐洲團隊發表了微生物基因普查報告：在人體的消化系統內，有 1000 多 個菌種的330 萬個基因，大約是人類基因組2 萬~2 萬5000 個基因的 150 倍。 研究人類微生物群系的特性，帶來了許多意外的發現：沒有任何人的微生物組合 是一模一樣的，即使同卵雙胞胎也不同。這個發現或許有助於解答人類基因組計 畫呈現的謎題：該研究證實全世界所有人的DNA99.9%是相同的，我們的命運、 健康、甚