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在基因分析中的一些设计问题 谢民育 (华中师范大学统计系 武汉) 摘 要 这篇文章介绍基因分析中的一些设计问题，主要涉及连锁分析 和关联分析中的抽样效率。在连锁分析中，谢和李(2003)通过利用优良 设计理论，获得了有效的抽样方法。在关联分析中，可用均匀设计方法 选出固定的置换来替代传统的随机置换，从而更有效地获得关联性置换 检验的p-值估计。 关键词：优良设计，均匀设计，基因研究 1、引言 我们首先介绍一下基因遗传的一些概念和原理，然后讨论连锁分析 和关联分析中的抽样效率。 每一种动植物的细胞（cell ）都会有该物种特有的一些染色体 （chromosomes）对。例如，人的每一个细胞通常有23 对染色体，鼠20 对，豌豆7 对，玉米10 对等。在高等动植物的染色体对中，有一对是性 染色体（sex chromosomes），例如，人和果蝇的性染色体是由X 和Y 组 成，雌性为XX 型染色体，雄性为XY 型染色体，染色体Y 除了与雄性的 生殖力有关外，几乎没有什幺机能，因此常称为惰性染色体。这里只涉 及活性染色体的研究，今后出现的染色体均指常染色体。在常染色体的 研究中，男性和女性是平等的。 一对染色体可想象为两条平行线。染色体上一个给定的位置，好比 两平行线上的一点或一段，叫做基因座（locus）。基因座上不同形式的 DNA 遗传变量叫做等位基因 （allele），常用字母A, a, B, b 或数字1, 2, 3 等来表示。在分子遗传学中，基因 （gene）这个术语既指基因座又指等 位基因。图 1 给出了这些概念的几何直观：两平行线代表一对染色体， 与两平行线垂直的直线标明了染色体上一个基因座，交点处的变量X 和Y 取等位基因A, a, B, b 等。基因座上这样一对等位基因 XY 叫做基因型 （genotype），等位基因的顺序并不影响基因型的类型，即当X 和Y 取不 同的等位基因时，也可认为XY 和YX 为同一基因型。如果X 和Y 取相同 的等位基因，则称此基因型是纯合的 （homozygous）；如果取不同的等位 基因，则称此基因型是杂合的（heterozygous）。假定一个基因座上有m m 个等位基因，那幺，可能的纯合基因型为m 个，杂合基因型为( )个，总 2 基因型为m + m (m −1) 个。基因型是生物机能的基本单位。 2 123 x y 图1.1 基因的几何解释 现在讨论两个基因座之间的关系，多个基因座的情况在原理上与两基 因座的情况是一样的。如果两个基因座在同一对染色体上，且位置较近， 则两基因座上等位基因的传递是不独立的，这是由染色体的交换现象所 决定的，即在配子（精子或卵子）形成的过程中，两条染色体上的等位 基因可能发生交换。假定一个基因座有等位基因A 和a，另一基因座有等 位基因B 和 b，如果一个体在前一基因座上有基因型Aa，在后一基因座 上有基因型Bb，且A 和B 在同一染色体上，记该个体为 A B a b 当交换发生偶数次时，可能形成的配子是A B 或a b，当交换发生奇数 次时，可能形成的配子则为A b 或a B，如果用 记两基因之间发生奇 θ 1−θ