种经济海胆线粒体srrna基因片段的序列分析.pdfVIP

第26卷第6期 水 产 科 学 v。1．26N。．6 ：塑!生!旦 !!兰旦垦堕垦曼兰￡!垦塑￡垦 如!：!塑2 6S 5种经济海胆线粒体1 rRNA基因片段的序列分析 刘晓慧1’。，黄佳琪3，周遵春1，董颖1 (1．辽宁省海洋水产科学研究院，辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室，辽宁省应用海洋生物 区海洋与渔业局，山东青岛266109) 摘要：对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆，海刺猬和紫海胆线粒体DNA16srRNA基因片段进行 了PcR扩增和测序，得到395bp的可信片段。通过clustalx1．83和Mega3．0软件对所得线粒体16s rRNA片段序列进行比较，共检测到118个碱基变异，其中简约信息位点为33个。应用Mega3．0计算 各种间的相对遗传距离，以糙海参为外类群，得到NJ系统树和MP系统树，系统树各分支的置信度由 “Bootstrap”1000次循环检验。结果表明，马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近，其次为中间球海胆， 而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。 关键词：光棘球海胆；中间球海胆；海刺猬；马粪海胆；紫海胆；线粒体DNA；16SrRNA基因；序列分析 中图分类号：S968．9 文献标识码：A 文章编号：1003-1111(2007)06_0331出 海胆属于棘皮动物门、游在亚门、海胆纲，是一 表l 海胆样品采集地点与分类 类比较常见的海洋无脊椎动物，具有较高的食用、 药用和科研价值。海胆也是生物科学史上最早被 使用的模式生物，是无脊椎动物中后口动物的主要 类群代表，在进化的过程中扮演着重要的角色。近 几年，国外在应用分子标记研究海胆的种群遗传结 构及系统进化分析方面已有一些报道[1引。常亚 1．2试验方法 青M3等应用RAPD技术对几种海胆的系统进化进 1．2．1 基因组DNA的提取 行了研究。 基因组DNA的提取参照《分子克隆实验指南 笔者选用的光棘球海胆(＆ro嘲如ce，啪觚nM． 第3版》J。用常规酚一氯仿抽提法提取酒精固定 d瑚)、中间球海胆(S．i凡比m豫也瑚)、海刺猬(G切￡o施卅 的海胆肌肉组织的DNA。 玉伽砒fn廊)、马粪海胆(胁施om抛f琊肼￡妣胛im淞)、 1．2．2引物设计 紫海胆(Amnoc池廊c榔s却iM)为目前我国海胆种类 从Genbank上搜索到马粪海胆的16SrRNA序 rRNA基 中比较有经济价值的种类，通过测定其16s 因部分序列，分析其亲缘关系的远近，对进一步利用 rRNA 体16SrRNA与其他棘皮动物的线粒体16S 线粒体DNA多态性开展我国经济海胆的种群遗传 进行比对，找到2段16srRNA的保守序列，应用引 结构分析、种质资源评价及种质鉴定具有重要意义， 物设计软件01igo6．0进行评价，设计的引物序列 可以为海胆的种质资源保护、确定合理的增养殖策