基于高通量测序的牡蛎冷藏过程中微生物群落分析-ingentaconnect.pdfVIP

第 32 卷 第 20 期 农 业 工 程 学 报 Vol.32 No.20 2016 年 10 月 Transactions of the Chinese Society of Agricultural Engineering Oct. 2016 275 基于高通量测序的牡蛎冷藏过程中微生物群落分析 ※ 曹 荣，刘 淇 ，赵 玲，孟辉辉 （中国水产科学研究院黄海水产研究所，青岛 266071 ） 摘 要：为揭示牡蛎冷藏过程中微生物群落结构的变化规律，采用高通量测序技术对冷藏 0、4 、8 d 牡蛎的菌群进行分 析。结果表明高通量测序可以全面反映牡蛎中菌群的物种组成及丰度信息。牡蛎体附着的细菌以变形菌门 （Proteobacteria ）、γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria ）、弧菌目（Vibrionales ）为主。在科的分类水平上，主要是弧菌科 （Vibrionaceae ）、希瓦氏菌科（Shewanellaceae）和交替假单胞菌科（Pseudoalteromonadaceae ），其中初始样品以 Vibrionaceae 为主，比例达 36.8% ；第4 天样品 Pseudoalteromonadaceae 比例相对较高；第 8 天样品同样以 Pseudoalteromonadaceae 为 主，而 Shewanellaceae 比例明显增加，达到 19.5%。在属的分类水平上，在牡蛎初始菌群中比例前三位依次为弧菌属 （Vibrio）、希瓦氏菌属（Shewanella ）和交替假单胞菌属（Pseudoalteromonas ），其中 Vibrio 在冷藏前期比例迅速下降； Shewanella 和 Pseudoalteromonas 在系统进化关系上较为接近，在冷藏后期比例占优，可能在牡蛎腐败过程中起到重要作 用。研究结果可以为牡蛎的贮运保鲜策略提供参考。 关键词：微生物；冷藏；品质控制；牡蛎；细菌群落结构；高通量测序 doi ：10.11975/j.issn.1002-6819.2016.20.036 中图分类号：TS254.1 文献标志码：A 文章编号：1002-6819(2016)-20-0275-06 曹 荣，刘 淇，赵 玲，孟辉辉. 基于高通量测序的牡蛎冷藏过程中微生物群落分析[J]. 农业工程学报，2016，32(20)： 275－280. doi ：10.11975/j.issn.1002-6819.2016.20.036 Cao Rong, Liu Qi, Zhao Ling, Meng Huihui. Microbial flora analysis of oyster during refrigerated storage by high throughput sequencing technology[J]. Transactions of the Chinese Society of Agricultural Engineering (Transactions of the CSAE), 2016, 32(20): 275 －280. (in Chinese with English abstract) doi ：10.11975/j.issn.1002-6819.2016.20.036 因而传统纯培养的分析结果往往不能完全反映样本中微 0 引 言 生物种类组成的真实情况。 牡蛎，俗称蚝、海蛎子，具有很高的经济和营养价