CDK9的同源模建及小分子抑制剂的分析研究.pdfVIP

中珥协和医科大擘硕士研究生毕韭论文 中文摘要 控制细胞转录的CDKs。CDK9是正性转录延长因子b(positivetranscription T2b或K构成具活性的P-TEFb，通过磷酸化RNA聚合酶II(RNAII) polymcrasc 和一些负性转录延长因子从而使转录从起始部位得以延伸，是细胞转录延伸过程 中的关键限速环节。 P-TEFb在细胞活化、增殖、分化过程中起到关键的作用。P-TEFb被认为无 论在生理情况下还是在疾病发生中，尤其是在眦v一1编码的Tat蛋白反转录激 活中具有重要作用。CDK9／CyclinT的异常表达与许多疾病是相关的，比如AIDS 和癌症，它将给艾滋病和肿瘤等疾病的治疗中提供颇有应用前景的作用靶点。 因为CDK9目前没有晶体结构，为了得到三维结构，本研究将根据已知的 CDK9的氨基酸序列，在PDB库中进行同源搜索，用同源性高的已知晶体结构 的作为模建的模板对CDK9进行同源模建。通过同源模建，共得到3个略有差 异的CDK9三维结构，每个CDK9结构中又包含有两个LOOP区微调的结构， 一个产生9个CDK9的三维构象。选出其中一个构象赋予结构溶液状态，进 行动力学优化，并用Profile-3D软件对模建蛋白的合理性进行评价。 选取动力学优化后的结构，对蛋白质表面进行分析，寻找可能的结合位点， 共发现有15个大小不一的结合位点，根据文献报道活性区特点，选择了第6个 结合位点作为活性区进行对接部分的受体结合区设计。选取我实验室的一部分化 合物，共39个，整理得到二维SDF文件，再经过一些处理变为三维化合物库， 用这些化合物进行虚拟筛选的DOCK对接。 经过对接后，发现其中除了一个化合物不能进入对接腔穴外，其他的38个 都能进入并得到打分，打分结果在一31．97-．8．7的范围内，我们分别选择打分高、 中、低三个化合物的对接能量构象进行图像学分析，找到它们与CDK9结合区 可能的作用模式。 同时我们用逆转录．聚合酶链反应(RT-PCR)顿d定了这些化合物对CDK9表达 2 中田体和基科大学硕士拜竞生睾生论吏 的影响，结果表明大部分的药物对CDK9表达都有抑制作用，并且其中7个在 100pM，200pM这两种的浓度下呈现一定的量效关系。 总之，这是一条值得探索的新药研发之路，它涵盖了蛋白质结构预测，活性 位点搜寻，对接计算，药物设计，生物测试多个方面，体现了利用计算机辅助药 物设计的最新思路，节省了时间，并可为今后类似的新药研发工作积累宝贵经验。 关键词：CDK9；同源模建：虚拟筛选；药物设计 中因协和医科大学硕士研究生单生论文 ABSTRACT CDK9isthe subunitof Recently catalyze Factors b)，whichcatalyzetranscriptional by Elongation elongation RNA wellassome II)，as phosphorylarionpolymeraseII(RNApol negative a roleinthe of transcriptionelongation． elongationfactors，playingkey process