Ca2%2b、K%2b和Na%2b在跨膜环肽纳米管中传输行为的MD分析研究.pdfVIP

2+ + + Ca 、K 和Na 在跨膜环肽纳米管中传输行为的MD 研究 中文摘要 中文摘要 2+ + + 本文采用分子动力学（MD ）模拟研究了Ca 、K 和Na 在跨膜环八、环十 肽纳米管水通道中的传输行为，探讨了肽管管径、离子电荷、半径及溶剂化能力 等对离子传输行为的影响。 2+ + + PMF 曲线显示Ca 很难自发进入并存在于两种肽管内，而K 和Na 则易被 + “囚禁”于管内，Na 在管内势肼更深，在管内“囚禁”时间更长。管径的增加 能有效降低三种离子在管内传输的能垒。离子与水分子之间的静电相互作用能是 离子与周围环境间作用能的主要项，这种相互作用改变了管内的水链结构，尤其 是在环八肽纳米管内，导致了在管两端的gap 内出现水链氢键“D-Defects ”。经 + 统计，K —环八肽管体系中“D-Defects ”出现最多。此外，离子的存在显著地 降低了水分子在管内的轴向扩散。 三种离子在两种肽管内均倾向于靠近管轴运动。在环八肽纳米管内，Ca2+ + 与管壁之间的水桥数目最多，K 与管壁之间直接配位的羰基氧数目最多。而在环 十肽纳米管内，由于离管壁较远，三种离子都主要通过水桥与管壁作用。离子在 管内的轴向扩散与离子的位置紧密相关，且在管内可以发生快速漂移，尤其是在 管径较小的环八肽纳米管内。三种离子发生快速漂移的位置不尽相同。随着管径 + 的增大，离子运动也明显加快，尤其是 K ，在较短的时间内，便可以穿越整个 2+ + 环肽纳米管。Ca 和Na 在两种管径环肽纳米管内，第一溶剂层基本上都可以达 + 到饱和；而半径相对较大的 K 在环八肽纳米管内，很难达到饱和。随着肽管管 径的增加，离子第一溶剂层内的水分子与外部水分子交换频率加快；总体而言， 2+ + 两种肽管内，Ca 第一溶剂层都是最稳定的，而K 第一溶剂层则是最活泼的。 关键词：分子动力学；环肽纳米管；离子传输；离子水合；水分子运动 作者：闫希亮 指导教师：樊建芬 I Abstract Transport Behavior of a Single Ca2+, K+ and Na+ in a water-filled Transmembrane Cyclic Peptide Nanotube Transport Behavior of a Single Ca2+, K+ and Na+ in a water-filled Transmembrane Cyclic Peptide Nanotube Abstract Molecular dynamics (MD) simulations have been performed to investigate the transport properties of a single Ca2+, K