中国沿海不同地区泥蚶tegillarcagranosa的遗传多样性分析.docVIP

中国沿海不同地区泥蚶(Tegillarca granosa)的遗传多样性分析( 刘春芳1,2 李翠1,2 张振1 王海艳1① 中国科学院海洋研究所 青岛 266071; 2. 中国科学院研究生院 北京 100049） 摘要 以采自海南海口，广西防城港、北海，广东湛江，福建漳州，山东荣成、威海7个地理群体62个泥蚶个体为材料，获取592bp线粒体COⅠ基因片段序列，并进行,遗传多样性及分化分析。多态性遗传参数统计显示，62个个体共检测出103个多态性位点，定义了26个单倍型；总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.834，核苷酸多样性指数(Pi)为0.01665，平均核苷酸差异数(K)为9.85772。7个群体均显示出较丰富的遗传多样性，群体内遗传距离及群体内遗传多样性参数显示中国沿海泥蚶遗传多样性由北向南呈升高趋势，而群体内遗传分化系数也呈现升高的趋势。基于26个单倍型COⅠ序列构建的NJ树和UPGMA树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树显示，荣成群体和威海群体亲缘关系较近，聚成一小支，而后与漳州群体相聚，然而南方类群并没有聚为独立的一支。 关键词 泥蚶，COⅠ，遗传多样性，遗传分化 泥蚶Tegillarca granosa (Linnaeus, 1758)隶属于软体动物门(Mollusca)、双壳纲(Bivalvia)、蚶目(Arcoida)、蚶科(Arcidae)，俗称血蚶、银蚶、花蚶、粒蚶、血螺、瓦垄哈，是一种营穴居生活的底栖动物，广泛分布于我国沿海，在山东、浙江、福建和广东均有养殖(李凤兰, 1983; 徐凤山等, 2008)。泥蚶的营养与药用价值高(雷焕宗等, 2004; 温扬敏等, 2009; 柯佳颖等, 2010)，是我国四大传统养殖贝类之一。 目前关于泥蚶不同地理群体形态变化差异与判别分析(张永普等, 2004)、生化遗传(贾守菊等, 2003; 李松伟等, 2011)以及养殖(尤仲杰等, 2002; 吴洪喜, 2004)的研究有大量报道。王日昕等(2005)利用同工酶分析的研究认为，我国沿海泥蚶以东海和南海的分界线为界，可以分为两个类群，两个类群内部遗传分化不明显，而类群间的遗传距离较大，而郑文娟等(2009)对泥蚶线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ (cytochrome oxidase subunit Ⅰ, COⅠ)基因的研究则在此基础上提出南北类群的分化达到了亚种甚至种的水平。Ni et al (2012)对中国东海和南海两个海区泥蚶COⅠ和ITS1两个标记的研究，提出了中国海区两个泥蚶的进化显著单元（evolutionarily significant units, ESUs）ESU则分布在南海海域，后者濒临消失。 线粒体DNA (mtDNA)是一种共价闭环双链DNA分子，由于其相对于核基因具有遵循严格的母系遗传、几乎没有重组、结构简单、进化速度快以及在不同的区域进化速度存在差异等特点，逐渐成为种群遗传学和分子系统发育研究的重要标记(Avise, 2000)。线粒体COⅠ基因具有进化速度较快，有相对保守区等特点，可作为种属系统进化研究的良好标记(Martínez-Navarro et al, 2005)，目前被广泛应用于物种鉴定、分子系统发育分析(Matsumoto, 2003; Cho et al, 2007)。目前关于中国沿海泥蚶群体的遗传分化研究仍不够全面，本研究利用线粒体COⅠ基因分析中国沿海泥蚶7个群体遗传多样性，以期为泥蚶的分类、遗传多样性研究及合理、有效地利用和保护泥蚶种质资源提供数据参考。 材料与方法 样品的采集 样品分别采集于海南海口市、广西防城港市、广西北海市、广东湛江市、福建漳州市、山东荣成市和山东威海市。样品采集后立即用75%酒精固定，保存备用。 DNA的提取、扩增及测序 取泥蚶闭壳肌肌肉约100mg充分剪碎，用TIANamp海洋动物DNA提取试剂盒（北京天根生物有限公司）提取全基因组。线粒体COⅠ基因扩增引物LCO1490和HCO2198 (Folmer et al, 1994)序列分别为：5’-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3’，和5’-AAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3’，由上海桑尼生物技术公司合成。PCR反应体系为：总体积25 μL，其中2 μL 10× PCR buffer，1.5 mM Mg2+，200 μM dNTPs，1 U Taq DNA polymerase，正反向引物各0.4 μM，2 μL模板DNA溶液(10 – 100 ng/μL)。PCR反应程序为：94 ℃预变性4 min；94 ℃ 40 s，48 ℃ 1min，72 ℃ 1 min，30个循环；然后72 ℃延伸10 min。PCR扩增产物送上海