computing approximate monogenic model likelihoods in large pedigrees with loops计算近似单基因模型可能在大谱系与循环.pdfVIP

Original article Computing approximate monogenic model likelihoods in large pedigrees with loops LLG Janss JAM Van Arendonk, JHJ Van der Werf Wageningen Agricultural University, Department of Animal Breeding, PO Box 338, 6700 AH Wageningen, The Netherlands (Received 30 January 1995; accepted 11 September 1995) Summary - In this study ’iterative peeling’ is introduced, a method equivalent to the traditional recursive peeling method for computing exact likelihoods in nonlooped pedigrees, but which can also be used to obtain approximate likelihoods in looped pedigrees. Iterative peeling is an interesting tool for animal breeding, where exact recursive peeling is generally unfeasible due to the abundant number of loops in animal pedigrees. In simulations, hypothesis testing and parameter estimation were compared based on approximate likelihoods in looped pedigrees and exact likelihoods in nonlooped pedigrees, showing no biases introduced by the approximation in looped pedigrees. likelihood / pedigree peeling / major gene / looped pedigree Résumé - Calcul approximatif de vraisemblance pour un modèle monogénique dans de grands pedigrees à boucles. Dans cette étude on introduit une procédure itérative de condensation de l’information contenue dans un pedigree, appelée « épluchage », qui est équivalente à l’épluchage récursif pour le calcul des vraisemblances exactes dans des pedigrees sans boucles, mais qui est également utilisable pour le calcul de vraisemblances ap- proximatives dans les pedigrees à boucles. L’épluchage itératif est une méthode intéressante en génétique animale où la méthode récursive exacte est généralement inapplicable à cause du grand nombre de boucles dans les pedigrees animaux. À l’aide de simulations, on a comparé des tests d’hypothè