03 - molecular marker - l IU ξ傲雪.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 接头一般由二部分组成：核心序列和酶特异序列， 如EcoRI接头和MseI接头：　　EcoRI-adapter: 5-CTCGTAGACTGCGTACC CATCTGACGCATGGTTAA-5　　MseI-adapter:5-GACGATGAGTCCTGAG TACTCAGGACTCAT-5 * AFLP技术的优点 （1）酶切所需DNA量少（仅需50－300ng）,也可以作用于mitDNA； （2）多态性检测能力高，既能检测酶切位点不同造成的多态性，又能检测随机选择碱基造成的多态性； （3）简单高效，一次选择扩增就能比较几十甚至上百个位点； （4）分辨率高，扩增片段短，片段多态性检出率高； （5）可靠性和重复性好。AFLP由于是特定引物扩增，退火温度高，因而假阳性低，重复性好。AFLP集RFLP、PCR和RAPD的优点于一身，并且克服了RFLP和RAPD的缺点。AFLP技术的优点： * AFLP技术的不足 （1）AFLP技术受到专利保护，试剂盒昂贵，成本较高； （2）对DNA的纯度和内切酶的质量要求较高，技术要求高。现在一般都采用银染和荧光标记的方法来代替放射性同位素标记，因而避免了辐射伤害。 （3）操作繁琐。 * （四）简单序列重复标记，SSR 又称微卫星DNA(Micro-satellite DNA)标记； 属高度重复序列，重复单元2~6bp，如(CA)n、(AT)、(GGC)n等重复，重复区大多几十~几百bp，分散在基因组中，大多不存在于编码序列内，具有较高的多态性。呈现孟德尔式遗传。目前微卫星DNA已经发现了２万余个位点。 TTCAGCTAGCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGCTTGC AAGTCGATCGAGTCGTCGTCGTCGTCGTCTCGAACG * Marker Name: DPL0489 Forward Sequence: ACTCCTCCTTGCTCATGTTGAATA Reverse Sequence: CATGGATGACTCTTCTGCTTCATA Linkage: Ch22 Motif: ATAC # of Repeats: 10 Forward_TM: 61.341 Reverse_TM: 60.632 Forward_GC%: 41.667 ReverseT_GC%: 41.667 Clone Sequence: gcactcctccttgctcatgttgaatatcaaacactcttctataagatgatgcacctgcat aaATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC atgatcatcttggaaaca actataactttatggaaattgctatataatacttaccatatggatgtatgaagcagaaga gtcatccatgttcatgaaatcatccaaatattggtactgagtttaggctttttccaccaa gaactagcagagtggaaattatataatagaggaaacagggggatgaagaagaaacaagac atgatgtcataggttgttggttgggtccgatgtcccacgtgggacgatgtctatgattgg tggagatgagattttattaccaagcaccactcttctgtccgaag * SSR标记在F1、亲本及F2中的多态情况 * * 微卫星DNA PCR扩增结果（示例）： 500bp 400bp 300bp 240bp 该结果显示在所检查的人群中，该位点多态性有4种。 * * SSR标记的主要特点 （1）数量丰富，广泛分布于整个基因组； （2）具有较多的等位性变异； （3）共显性标记，可鉴别出杂合子和纯合子； （4）实验重复性好，结果可靠； （5）由于创建新的标记时需知道重复序列两端的序列信息，因此其开发有一定困难，费用也较高。 在SSR标记技术中，采用PCR反应必须知道扩增DNA片段两侧序列，在大多数情况下，某些序列本身或其旁测序列并不清楚，而且由于SSR两侧引物具有物种特异性，引物设计费时耗力，要检测多个基因座是不现实的。这就限制了PCR技术的应用，“锚定PCR（anchored PCR）”可克