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网络药理学价值 　　过去十余年来，新药候选物转化成临床有效新药的速率显著下降，而在Ⅱ和Ⅲ期临床试验中因缺乏有效性和出现非预期的毒性所导致的损耗呈现令人担忧的增长趋势，约占研发失败原因的60%[1]。2007年，英国Dundee大学药理学家Hopkins[2-3]认为，造成上述失败的主要原因并不是技术和条件方面的因素，甚至也不是科学的因素，而是哲学(或理念)的因素(maynotbetechnological，environmentalorevenscien-tificbutphilosophical)，因此，他率先提出并系统地阐述了网络药理学(networkpharmacology)的概念[3]，为从新的角度认识药物作用机制、以新的策略发现新药提供了新的思想、理论及方法，在生物医药研究领域产生了深远影响。与传统药理学的最大区别在于，网络药理学是从系统生物学(systemsbiology)和生物网络平衡的角度阐释疾病的发生发展过程、从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识药物与机体的相互作用并指导新药发现。网络药理学紧紧围绕系统生物学、生物网络构建和分析、连接性、冗余性和多效性等进行药物有效性、毒性、代谢特性的揭示，是建立在高通量组学数据分析、计算机虚拟计算及网络数据库检索基础上的生物信息网络构建及网络拓扑结构分析策略和技术基础上的科学思想和研究策略[2-3]，代表了现代生物医药研究的全新理念和模式，使以“一个药物，一个靶标，一种疾病(onedrug，onetarget，onedisease)”为主导的传统新药研发理念产生了革命性转变，对认识药物及发现药物的理念、策略和方法具有深刻影响。 　　1、网络药理学的理论基础 　　网络药理学的产生离不开基因组学、蛋白质组学、代谢组学等组学技术以及高通量、高内涵筛选等现代新药发现技术的发展，也离不开生物信息学、系统生物学、网络生物学及计算生物学等相关学科的基础理论和研究技术的发展，可以说，网络药理学是生命科学发展到系统生物学阶段的产物，是生物学、医学、计算科学、生物信息学等多学科基本理论和研究技术综合集成的结果。 　　1.1系统生物学 　　美国科学院院士莱诺伊bull;胡德(LeoryHood)最早提出了系统生物学的概念和研究体系，按照他的定义，系统生物学就是一门研究生物系统中所有组成成分的构成，以及在特定条件下这些组分间相互关系的学科[4]。系统生物学认为生物体是一个包含多个个体和多个层次相互作用的复杂系统，系统生物学研究就是要在细胞、组织、器官和整体水平对结构和功能各异的所有组成成分(如基因、蛋白、mRNA、小分子代谢物等)的相互作用关系，以及在特定条件下(如遗传、环境因素变化时)这些组成成分间相互作用关系的变化进行研究，同时还要通过生物信息学来定量阐明和预测生物功能、表型和行为。生物系统具有涌现性(emergence)、复杂性(complexity)和鲁棒性(robustness)的特点[5-7]。生物系统由若干个子系统构成，每个子系统中又涉及到不同种类的生物大分子，研究时需着眼于将这些所有的分子、子系统放入整个生物系统的大环境中去考察其所有的相互关系;系统生物学不是用单一的方法同时研究成千上万个基因或蛋白质的“水平”研究，而是要将“水平”研究和“垂直”研究统一起来，成为一种“高维”的研究，既要同时考虑多个层次、多种类型的生物信息，还要考虑时间因素;“部分之和大于整体”是系统科学的核心思想，系统特性是由于不同组成部分、不同层次间相互作用而“涌现”的新性质，如果只是针对组成部分或低层次的分析并不能真正准确地预测高层次的行为。系统生物学的发展带给药理学工作者的启示是“分子到药物”的简单模式将逐渐被“生物学到药物(biologytodrug)”的模式所取代，药物靶点将从单一分子扩展至分子组合、某个信号转导通路甚至几个通路的组合。对新药研发工作者来说，则认识到那些“dirtydrug(不纯的药物)”尽管对单个靶点的亲和性和选择性可能都不高，但因为可作用于疾病网络的多个靶点，或对各靶点的作用可以产生协同效应，使其总效应大于各单效应之和，从而达到比单靶点药物更佳的治疗效果[8-9]。 　　1.2网络生物学和生物网络 　　网络生物学(networkbiology)的概念是Barabasi和Oltvai[10]于2004年提出的，他们提出可以利用网络学科的语言，将复杂生物系统的相互作用抽象表达为网络，建立网络模型，进而通过研究代表生物体的复杂网络的成分关系和特性来揭示生物体的原理和本质。采用数学领域图论的研究手段，借助网络的概念、属性和复杂网络的研究方法，将生物体中各种生物分子及其相互作用加以抽象(将构成系统内的各个组分如生物分子抽象成节点，它们之间的联系或相互作用关系如分子间的相互作用描绘成