单分子DNA芯片制作的初步的分析研究.pdf

                   Preliminary Studies on Fabrication of Single-Molecule DNA Chip Author ：Jingjing Yan Specialty：Horticulture Advisor ：Zhimin Wang (Professor) Department of Plant Science School of Agriculture and Biology Shanghai Jiao Tong University Shanghai, P. R. China January 2013 II       万方数据 万方数据 万方数据                    单分子 DNA 芯片制作的初步研究 摘 要 传统的单分子 DNA 芯片制作技术主要依靠稀溶液铺设，有很大的随 机性，即有许多 DNA 分子相互重叠或间距太进，超过了光学系统的分辨 极限而无法观察，还有一部分基片上没有样品，难以使有限面积的信息 量最大化。为了克服分子堆叠，我们发展了一种新的方法，即纳米珠作 为单分子 DNA 的连接载体，利用其空间位阻作用将DNA 分子沉降到经 过表 化学处理的基片表面。首先，3’-生物素化单链 DNA （ 面 ssDNA ） 与 5’-突出的发卡 DNA （发卡处碱基用氨基修饰）杂交，然后 将此带生 物素的 DNA 与抗链霉生物素包被的纳米珠以预设的“纳米珠-DNA 比” 进行杂交，获得单个纳米珠表面只连接极少量的DNA 的复合物。由于DNA 链本身很短且纳米珠有空间位阻，我们的方法能够保证 DNA-纳米珠复 合物很好地沉降到琥珀酰亚胺修饰的基片上。经过碱洗，发卡 DNA 将留 在基片上。Confocal 检测结果显示，使用纳米珠直径为 940 nm，DNA 链 长 15 nm，纳米珠：DNA 比例为 1：6 的复合物反复沉降 10 次制作的单 分子DNA 芯片能够达到 700 nm 的点间距，且样点密度达到了理论最大样 点密度的 4% 。这一新的DNA 芯片制作技术将为今后单分子水平的研究开 辟新的道路。 在另一种单分子 DNA 分子的操作方法中，抗链霉生物素可以取代纳