至强V3集群用户快速使用手册.PDFVIP

至强V3 集群用户快速使用手册 一、集群环境 硬件配置： 每节点两颗Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2690 v3 @ 2.60GHz ，内存 128G ，总可用存储空间164T。 编译、优化和命令行提交作业使用方法(命令行) ： 用户通过登录应用服务器节点（ ）进行程序开发、调试 及作业脚本提交。在这台编译服务器上，可以生成 X86 架构的可执 行程序，通过不同编译命令来区分。详细命令见文档后半部分。 CUI 界面提交作业使用方法(浏览器) ： 集群用户使用 IE10 、Firefox 、Chrome 浏览器登录 CUI 界面 （/ ）输入管理员分配的SN 帐号进行访问。CUI 可以提 供作业提交、文件上传下载等功能。 二、编译环境  串行编译命令：  C 语言：icc  C++语言：icpc  Fortran 语言：ifort  MPI 编译命令：  C 语言：mpicc  C++语言：mpiCC  Fortran 语言：mpif90/mpif77  常用的编译优化选项：  -O1 、-O2 、-O3 ，不同优化级别，一般情况下选项 -O2 比较合理  -openmp, -parallel ，并行计算  -ip ，单个文件过程间优化  -xtarget ，针对CPU 指令集优化，AVX, SSE4.2, SSE4.1, SSSE3, SSE3, SSE2  常用的编译调试选项：  -Wall ，打开编译告警，有助于发现代码不规范的地方和潜在错误  -g ，用于产生调试信息，供 gdb 等调试器使用，-g 会自动禁止部分 编译优化  -debug [keyword] 作业提交使用详解 1、bsub 命令 (1)bsub 命令—用于提交作业脚本 命令格式： bsub options jobstart | jobtype user command line 选项的详细解释如下: -q: 指定队列 -node: 指定所使用的节点数，一个节点为24 核心 -np: 指定一个每个节点上使用的核心数 -app: 如果是个CAE 的作业，需要指定其应用名称 -smp: 只有smp 作业需要指定，指定其线程数。 -job: 指定作业类型，如CAE 、intelmpi, openmpi 等，这是作业命令之前的最 后一个选项。 例： #bsub -q batch -node 2 -np 24 -job impirun mpi_prog \ progout #bsub -q batch -node 1 -np 1 -o log -job any hostname (2)bjobs 命令—用于查询作业状态信息 命令格式：bjobs [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u] 参数说明： -f jobid 列出指定作业的信息 -a 列出系统所有作业 -i 列出不在运行的作业 -n 列出分配给此作业的结点 -s 列出队列管理员与scheduler 所提供的建议 -R 列出磁盘预留信息 -Q 操作符是destination id ，指明请求的是队列状态 -q 列出队列状态，并以alternative 形式显示 -au userid 列出指定用户的所有作业 -B 列出PBS Server 信息 -r 列出所有正在运行的作业 -Qf queue 列出指定队列的信息 -u 若操作符为作业号，则列出其状态。若操作符为destination id ，则列 出运行在其上的属于user_list 中用户的作业状态。