化学生物学第八章化学物质与核酸的相互作用.ppt

2，与rRNA作用的小分子化合物 小分子化合物与核糖体16S A位点的结合研究，有助于阐明特定基团静电作用、氢键作用对小分子结合RNA亲和力的影响规律。 同蛋白质相比，RNA上的结合位点是亲水的和相对开放的。小分子结合特定靶RNA形成相对刚性结构取决于构象、电荷分布、芳香性、氢键。恰当位置的正电荷是很重要的，同样，长距离的静电作用使分子以正确的方向结合到口袋中。在核苷酸碱基暴露的结构中，芳香基的堆积力对相互作用有很大贡献。 在众多的抗生素中，核糖霉素（Ribostamycin）、巴龙霉素（Paromomycin）和利维霉素（Lividomycin）可与原核rRNA的A位点亚结构域形成特定的复合物；而安普霉素（Apramycin）对原核亚结构域的强结合依赖于1408位点，其它抗生素的结合位点标在图中。 RNA结构和序列的多样性表明RNA是具有高亲和性和特异性的靶点，小分子化合物可以作为基因研究的工具，特别是细胞内它们的作用方面。 但是，要实现这一目标还有许多重要工作要做。合成化合物特异识别RNA三维形状的规律还有待发展，最佳RNA靶的鉴别方法还需完善，先导化合物的设计合成、筛选、临床前研究和临床研究都有漫长的路要走。 影响RNA功能的各种化合物的结构 随着基因组计划的完成，生物信息学的迅猛发展，分子进化理论和研究方法的不断完善，组合化学技术，以及药物高通量筛选技术的建立都为结合靶RNA分子药物的研制提供了理论储备和技术支持。 RNA功能基因组研究的深入，对RNA结构功能的新认识为研制以RNA为分子药靶的新一代小分子药物提供了机遇和挑战。 更重要的是结合靶RNA的药物可能获得在蛋白质水平达不到的治疗效果，比如提高蛋白质表达量。 ④苯并咪唑类分子 苯并咪唑类分子中最著名的是被广泛用来作DNA荧光标记的Hoechst 33258，它具有一定的抗肿瘤活性，对4～5个碱基的A/T序列有很强的亲和性, 结合在AATC序列的CG部分的末端。 hoehst 33258分子弯曲形状在结构中与DNA小沟区的曲线很符合，该分子的甲基哌嗪部分结合于双链的中央，而酚羟基定位在序列的3’-端。 以Hoechst 33258为母体，发展了一批苯并咪唑类分子(例如31，32，33)。通过改变取代基或采用二聚、三聚的形式，可以有效提高分子与DNA的结合性，在这其中氢键起着主要的作用。 例如，头对头的二聚苯并咪唑类分子33既可以与单链的tRNA结合，又可以与双链DNA的Ａ/Ｔ富集区结合；咪唑环的引入，则可以提高与非Ａ/Ｔ富集区的结合性。 ⑤二苯脒类分子 Berenil[1,3-二(4-脒基苯基)-三氮烯]具有抗原生物活性和抗菌活性。Ｘ晶体衍射实验表明：它是通过其脒基与胸腺嘧啶的O(2)或腺嘌呤的N(3)之间的氢键结合在DNA的小沟Ａ/Ｔ富集区。 1,5-二(4-脒苯酚基)戊烷可以与双链DNA结合(主要识别A/T碱基对，识别序列的长度约4个碱基对)，并具有治疗肺炎的临床效力。不过它引起低血糖或白血球缺少症，限制了在临床的推广。 DAPI DAPI(4?,6-二氨基-2-苯基吲哚)，它被广泛应用于染色体DNA的荧光标记。 它是一个典型的DNA小沟Ａ/Ｔ富集区结合分子，但它也能嵌入结合在Ｇ/Ｃ富集区(Ｇ/Ｃ区结合力不如Ａ/Ｔ区)。 DAPI通过脒基上的氮原子与环外鸟嘌呤的氨基形成氢键，来有效识别Ａ/Ｔ富集区中5?-GGCGAATTCGCG-3?序列和5?-GGCCAATTGGG-3?序列。 ⑥寡糖的衍生物 Calicheamicin ?1I(CLM)是含寡糖的天然抗生素，它既能结合在ＤＮＡ小沟区，同时也对DNA进行切割。 CLM主要由两部分构成：一是烯二炔部分，它在一定条件下能切割DNA；另一部分是寡糖，对DNA的识别主要由寡糖部分完成，其中芳环上的碘对于序列选择性具有重要的作用。 研究表明：CLM能较好识别DNA中的四碱基序列：5?-TCCT-3?，5?-TCTC-3?和5?-TTTT-3? 。 ⑦寡聚酰胺 受偏端霉素结构的启发，Dervan合成了以寡聚酰胺为模板的DNA识别分子。为了让寡聚酰胺分子能与GC碱基对有效结合，合成了ImPyPyDp分子(Im=N-甲基咪唑；Py=N-甲基吡咯；Dp=N，N-二甲基丙胺)。 它以2∶1的比例、反向平行地与DNA小沟区的(A/T)G(A/T)C(A/T)序列结合。 以此现象为基础，Dervan通过研究提出了寡聚酰胺识别DNA的配对规则:反向平行成对的Py/Im特异识别C-G碱基对，而Im/Py识别G-C碱基对；反向平行成对的Hp/Py(Hp=N-甲基-3-羟基吡咯)特异识别T-A碱基对，Py/Hp识别A-T碱基对。 Ｘ晶体衍射实验表明：在Im/Py与G-C碱基对之间共有三个氢键，其中咪唑环的N(3)与鸟嘌呤