原创力文档- 1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
- 2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
MECAT：三代测序快速组装系统研究及应用.pdf
三代测序基因组快速组装方法三代测序基因组快速组装方法研究研究
MECATMECAT
肖传乐
中山大学眼科学国家重点实验室
汇报内容汇报内容
三代测序简介
计算方法设计
三代测序应用与开发
一、三代测序简介 （PacBio原理)
SMRT(single molecule, realSMRT(single molecule, real--time) time) 测序技术测序技术
(Pacific Biosciences, USA)(Pacific Biosciences, USA)
优点
①长读长 （平均14kbp）二代：50-200bp
②无需要PCR扩增，不会引入GC偏好
一、三代测序简介 （广泛应用）
基因组组装基因组组装 DNADNA甲基化甲基化
全长转率组全长转率组 复杂区解析复杂区解析
一、三代测序简介 （计算难题）
错误率高错误率高 （（15%15%）） 序列比对重叠区域寻找最耗时序列比对重叠区域寻找最耗时
It requires 250,000 CPU hours to assemble a 54x human genome by PBcR-MHAP
-Nature Biotechnology(2015) 33:6,623
大概20万计算费用
参考基因组比对 两两序列比对
longlongreadread (14k(14kbpbp))
二、计算方法设计 序列比对方法
基于BLOCK结构的三代测序序列比对方法
BLOCK数据结
构提出
基于序列距离差异的种子投票全局打分机制
SL SL
DF i j 1.0
ij SN SN
i j
DF ( [0,0.5])
ij
种子投票全局打分评估：
结论：全局打分与
序列重叠长度成
正相关
结论：全局打分可
以过滤掉2/3局部
候选位置。
2.1 参考基因组序列比对结果评估
结论：METCAT2REF运行速度是BLASR和BWA-mem的10-70倍
2.1 参考基因组序列比对结果评估
结论：灵敏度和正确率比BLASR和BWA-mem稍高
2.2 两两序列比对结果评估
MECAT2PW：1G数据运行速度远远超过目前两两比对方法，3-20倍
2.2 2.
文档评论（0）