第4章-蛋白质组学中的定量研究技术.pdf

ChapterChapter IVIV QuantitativeQuantitative ResearchResearch TechniquesTechniques inin ProteomicsProteomics Northhern blblot off TgMTP1 expressiion iin hhyperaccumullator and nonaccumulator species. TTottall RNARNA was iisollattedd ffrom shhootts off ththe hhyperaccumullattor TT. goesiingense andd ththe  nonaccumulators A. thaliana, T. arvense, and B. juncea after exposure to Ni for 48 h.  Northern blots equally loaded with 30 mg of total RNA were probed with TgMTP1t1,  stripppped,, and repprobed with TggMTP1t2,, and finallyy stripppped and repprobed with an A.  thaliana actin probe as an RNA loading control. Persans et al, 2001, PNAS Quantitative Proteomics (定量蛋白质组学) • 定量蛋白质组学（ Quantitative Proteomics），就是 把把一个基因组表达的全部蛋白质或个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体个复杂的混合体 系中的所有蛋白质进行精确的定量与鉴定的一门学科。 • 基于研究手段的不同，定量蛋白质组学研究技术可分 为三类为三类： 荧光定量蛋蛋白质分析技术 基于质谱的蛋白质组定量分析技术 蛋白质芯片技术蛋白质芯片技术 荧光定量蛋白质分析技术 Fluorescence Quantitative Protein Analysis  TechniquesTechniques 荧光染料(Fluorescent dye ) • 与蛋白质共价结合的荧光染料 由于染料与蛋白质的结合是多位点的，对蛋白质的溶解度 有一定影响。如荧光素类染料FITC (异硫氰酸荧光素)，青色素 类染料类染料 （如（如Cy2、Cy3、Cy5等）等）。 Cy2Cy2、Cy3Cy3、Cy5Cy5  均有均有NHSNHS esterester （（NN‐羟基琥珀酰亚胺酯）功能团羟基琥珀酰亚胺酯）功能团，能能 与蛋白质中Lys侧链ε‐氨基基团共价结合，使每个被标记的蛋白质分 子量增加约450 Da （对小蛋蛋白质分子迁移影响较大）。 3种染料均带有一个正电荷，与Lys结合后，替代了在中性或酸性条 件下Lys携带的一个正电荷，保证了蛋白质的等电点pI没有发生明显 偏移。 荧光染料(Fluorescent dye ) Cy2、Cy3和Cy5与蛋白质结合反应示意图 CCy33和和CCy55的结构式的结构式 Blue Yellow gree n Red 荧光染料(Fluorescent dye ) • 与蛋白质非共价结合的荧光染料 含有钌(II)的有机机络合物 如SYPRO 宝石红（SYPRO Ruby)、SYPRO橙红（SYPRO  Orange ）、 SYPRO红红 （SYPRO Red）、SYPRO橘红橘红 （SYPR