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关于蛋白质磷酸化的结构统计分析 1、相关定义 1.1、简单蛋白质超二级结构模体定义 简单的超二级结构模体(motif)是指两个规则二级结构单元(α螺旋,β折叠)被 连接多肽所连接,形成具有一定几何排列的局域空间结构。蛋白质序列中每一个残基 都有对应的二级结构,如果二级结构残基属于α螺旋,则表示为”H”;如果二级结构 残基属于β 折叠,则表示为”E”;其余归为无规卷曲。一般在超二级结构中无规卷曲 也称为 Loop,根据 Loop 连接的规则二级结构可将超二级结构分五类(如图 2-7 所示), 即α -α(以下用”HH”表示),α -β (用”HE”表示),β -α (用”EH”表示),β -β hairpin(用”HA”表示),和 β - β link(用”AR”表示)。如果 Loop 两端连接的都是α 螺 旋,则定义为α -α ;如果 Loop N 端连接α 螺旋,C 端连接β 折叠,则定义为α -β ; β -α 定义类似;β -β hairpin 和β -β link 都是 Loop 两端连接两个β折叠,区别如下: 如果两个β 折叠间包含一个或更多氢键则 Loop 定义为 hairpin,否则定义为 link [33] 。 如图 2-8 中,1 与 2、3 与 4 构成 hairpin,2 与 3 构成 link。 10 α-loop-α α-loop-β 和β -loop-α β -loop-β (HH) (HE 和 EH) (HA 和 AR) 图 2-7 超二级结构 Fig. 2-7 supersecondary structure 图 2-8 Hairpins 和 Link 的例子。图中显示了免疫球蛋白 1fna_的前四个折叠。1 与 2、3 与 4 构 成 hairpin,2 与 3 构成 link。 Fig.2-8 Illustration of Hairpins and Link. The first four strands of the immunoglobulin fold 1fna_ are shown. Strands 1 and 2 and strands 3 and 4 form hairpins while the turn between strands 2 and 3 is a Link. 2.4 本章小结: 本章是全文研究的基础。首先介绍了蛋白质的氨基酸组成,然后具体说明蛋白质 结构层次:一级结构、二级结构、超二级结构、结构域、三级结构、四级结构;最后 具体给出五类简单蛋白质超二级结构模体的分类及定义。 11 1.2、蛋白质与DNA相互作用位点的定义 蛋白质与DNA相互作用位点的定义方法有很多种,有计算残基或原子ASA 的改变差值从而定义表面和相互作用位点[25_27],也有基于残基或原子之间距离的 定义相互作用位点,距离定义的参数主要有3[28].5Aig,、4A[2G]、4.5A[29]。 着% 图4.1:蛋白质-DNA复合物的相It作用位点的三维结构示意图。 紫色为蛋白质与DNA相互作用的部分,黄色为表面原子,粉色为被包埋的原子,(A)图中绿 色、蓝色及红色部分为双链DNA,PDBID:1BF4。 Fig 4.1 : 3D structure of protein-DNA complex. The purple part showed atoms of proteins-DNA interaction, the yellow part represent for the surface, and the pink part represent for embedded atoms (A) the green, blue and red part represent for double-stranded DNA, PDB ID: lbf4. 本文采用S3ausan等人[]在研究中的定义,分别计算蛋白质原子在单链以及复 合物状态下的ASA,并进行比较,若差值的绝对值大于或等于1人2,将该原子定 8 j匕京交通大学教过的教师基本是空白, 教过一轮的教师程度稍好一些,许多教师在大学期间,学校基本没开设统计学这门课 程,有的学校虽然开设了,但也没有受到学校和教师本人足够的重视,留下来的内容 对于教师来说也所剩无几,但从教授高三的教师对新增内容的理解来看,对于新增的 统计内容,教师有能力理解和更好的掌握,只是要达到较理想的程度,还需要一个过 程,即通过教师一两轮的讲授。 教师入职前后从未接触过,是这部分内容理解薄弱的主要原因。 访谈者:我发现好多老师对相关关系、回归分析及最小二乘原理的理解上存在困 难,能谈谈你的感受吗? 教师B1:对于这几个概念我也确实感到陌生,以前从未接触过,我刚送走